Manoma, kad pirmąją bažnyčią Perlojoje pastatė Vytautas Didysis dar iki 1428 m. Anot Lietuvos istoriko Edvardo Gudavičiaus, Didžiojoje Lietuvos Kunigaikštystėje Vytautas pastatė daugiau kaip 30 katalikų bažnyčių. Daugumą jų gavo lietuvių žemės, tarp jų ir Perloja. Teigiama, kad taip pat Vytauto funduota Daugų parapija apėmė Daugų, Alytaus ir Perlojos dvarus. XVI a. pirmojoje pusėje, 1506 m., valdovai, be kitų, fundavo ir Perlojos parapiją. Ir tais metais, Lietuvos didžiojo kunigaikščio ir Lenkijos karaliaus Aleksandro valdymo pabaigoje, buvo pastatyta nauja Perlojos bažnyčia.

Apie 1777 m. pastatyta maumedžio rąstų bažnyčia, kai kuriais duomenimis, įkurta ir parapija. 1866 m. caro valdžiai uždarius bažnyčią, tikintieji 1875 m., 1882 m. ir 1892 m. prašė ją grąžinti. Valdžiai nesutikus, perlojiškiai nepasidavė ir nusprendė kreiptis į Rusijos vidaus reikalų ministrą vis su tuo pačiu prašymu – leisti melstis savoje bažnyčioje.

Po daugybės prašymų, 1906 m. kovo 3 d. Perlojai buvo grąžinta senoji medinė bažnyčia, tačiau su sąlyga, kad bus statoma nauja.

Iš pradžių buvo galvojama statyti medinę bažnyčią, o 1909 m. jau kalbama apie mūrinę bažnyčią. 1927 m. Perlojos klebonu buvo paskirtas kunigas Pranas Cibulskas. Jo rūpesčio ir pastangų dėka 1928 m. buvo pradėtos naujos Perlojos bažnyčios statybos. Bažnyčios projekto autorius Vaclovas Michnevičius (Wacław Michniewicz). Bažnyčios statybai aukos buvo renkamos įvairiose Lietuvos vietose ir JAV lietuvių kolonijose. Sunkiausia našta teko perlojiškiams – jie nuo valako paaukojo po 1200 litų. Bažnyčios statyba kainavo 140 000 litų. Jai plytas (per 400 000 vienetų) pagamino patys parapijiečiai.

1930 m. spalio 4 d. naują Perlojos bažnyčią iškilmingai pašventino Kaišiadorių vyskupas J. E. Juozapas Kukta. Ankstesnis bažnyčios titulas buvo Šv. Baltramiejaus, dabar – Švč. Mergelės Marijos ir Šv. Pranciškaus Asyžiečio. Po trylikos metų kitam Perlojos parapijos klebonui – kunigui Vincentui Andrulevičiui – pavyko bažnyčią paversti ir dailės paminklu. Perlojos bažnyčios dekoras savo apimtimi ir menine kokybe yra įsidėmėtinas XX a. vidurio bažnytinės dailės kūrinys. Šį išskirtinį Perlojos bažnyčios vidaus dekorą 1943 m. sukūrė Jurgis Hopenas ir jo vadovaujama Vilniaus dailininkų grupė: Leonardas Torvirtas, Ona Torvirtienė, Ignas Bagdonavičius, Edvardas Sinkevičius ir Leonardas Januškevičius.

Atsižvelgiant į karo metų sąlygas, į nepriteklius, nesunku suprasti ir tai, jog dailininkams reikėjo konkrečios perlojiškių pagalbos, kadangi paprasčiausiai trūko dažų. Dažų gavo pirkti tik keliems paveikslams. Didžioji dalis dekoro sukurta namuose virtais dažais. Profesorius Jurgis Hopenas nurodė mergaitėms rinkti laukų gėles, o berniukams lupti nuo malkų ir medžių žieves, moterims – nešti iš pieninių pieną, rinkti kiaušinius. Bažnyčia dekoruota ne tik itin aukšto meninio lygio sienų tapyba, bet joje gausu ir valstybinių bei patriotinių akcentų. Trijų spalvų – geltonos, žalios ir raudonos – dominavimas triumfo arkos ir presbiterijos dekore itin skoningai prislopintas pasteliniais pustoniais ir augaline ornamentika. Triumfo arkos galuose regime dvi kompozicijas su šventaisiais: kairėje – Lietuvos karalaitis šv. Kazimieras su šalia esančiais Gedimino stulpais tarsi byloja, kad mes esame Lietuvos karališkoji valstybė, turinti savo šventąjį. Dešinėje – šv. Vincentas Paulietis, klebono Vincento Andrulevičiaus patronas ir simbolis, kaip ir klebonas apglėbiantis visus, reikalingus pagalbos. O bažnyčios skliauto atraminių arkų viršūnėse – Lietuvos heraldika: Gedimino stulpai, Jogailaičių kryžius, Vytis. Ir, žinoma, romantinis Perlius su lozungu: UŽ PERLOJĄ IR VISĄ LIETUVĄ. Link išėjimo žvilgsnis atsimuša į vargonų choro parapetą, kurio centre nutapytas Vytauto Didžiojo portretinis atvaizdas apskritime, esančiame laurų vainiko rėme. Abipus rėmo – šešios trispalvės Lietuvos vėliavos. Apačioje – himno žodžiai: „LIETUVA, TĖVYNE MŪSŲ, TU DIDVYRIŲ ŽEME“. Vytauto portreto fone pavaizduota ir senoji medinė Perlojos bažnyčia.
Dabarties dienomis gražiausias Perlojos pastatas vėl sulaukė meno žmonių dėmesio.

2007 m. dailininkė-vitražistė Alma Galinskaitė sukūrė Perlojos bažnyčiai vitražus. Presbiterijoje, kairėje ir dešinėje Didžiojo altoriaus pusėse, aukotojų lėšomis jau pradėtas įgyvendinti langų projektas. 2011 m., Gailestingumo metais, dailininkas Vaidotas Kvašys Perlojai padovanojo įstabų Gailestingojo Jėzaus paveikslą.

Marija Lūžytė