Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1520 m. Mirus klebonui, apie 1600 m. sunaikinti bažnyčios dokumentai.

1612 m. pastatyta nauja bažnyčia, į kurią Balbieriškio dvaro savininkas pakvietė evangelikų reformatų kunigą. Reformatams priskirtos buvusios katalikų bažnyčios valdos su Nešeikių kaimu. Katalikai, vadovaujami Merkinės klebono Petro Ramulavičiaus, 1632 m. vasario 10 d. užėmė Balbieriškio bažnyčią ir kleboniją. 1644 m. bažnyčia priteista katalikams.

1674 m. minima statoma bažnyčia. Joje 1871 m. pradėta giedoti ir pamokslai sakyti lietuviškai. Pagal inžinieriaus Bronislovo Žochovskio projektą 1884–1888 m. pastatyta medinė bažnyčia. 1907 m. pradžioje įkurtas „Žiburio“ draugijos skyrius, įsteigta biblioteka - skaitykla. Klebono Motiejaus Brazausko rūpesčiu bažnyčia 1911–1912 m. suremontuota.

1915 m. į Rusiją išvežti 3 varpai, rugpjūčio mėn. bažnyčia apardyta. Ją suremontavo iš Rusijos grįžęs klebonas Juozas Rudaitis. 1927 m. suremontuotas bokštas. 1944 m. karo metu bažnyčia sužalota, 1956 m. paremontuota, pakeistos bokštų sijos. 2013 m. naktį iš rugpjūčio 7 į rugpjūčio 8 d. bažnyčia visiškai sudegė.

2015 m. kovo mėn. Prienų rajono savivaldybėje architektas Vilius Urbonas Balbieriškio bendruomenės atstovams pristatė pirminius naujosios Balbieriškio bažnyčios planus. Naujoji bažnyčia šiek tiek siauresnė ir trumpesnė. Vienas didžiausių ir ryškiausių pokyčių – anksčiau buvusius du bokštus pakeitė panašaus aukščio vienas. Pati bažnyčia tvirtesnė, sienos trisluoksnio plytų mūro. Bažnyčios bei bokšto stogus dengia keraminės čerpės. Naujoji bažnyčia pašventinta 2018 m. kovo 3 d.

Naujosios bažnyčios fundatoriumi buvo bevielių technologijų įmonės „Teltonika“ steigėjas ir savininkas Arvydas Paukštys. Atstatymui skyręs 1 mln. Eur, A. Paukštys tapo pirmuoju nacionaliniu mecenatu Lietuvoje.