Gerdašiai ir kaimyniniai kaimai – Lipliūnai, Krivonys, Norkūnai, Butelionys (seniau Butelizna) – ilgus šimtmečius priklausė Pervalko parapijai, kuri buvo įsikūrusi kitoje Nemuno pusėje. Po trečiojo Lietuvos – Lenkijos valstybės padalijimo visi šie kaimai atsidūrė Prūsijos valdžioje. Parapijos centras, Pervalkas, atsidūrė kitoje valstybėje Rusijos imperijoje.

Nuo to laiko, apie 100 metų, šie dzūkų kaimai priklausė Leipalingio parapijai. Žmonėms į bažnyčią tekdavo eiti 16 ir daugiau kilometrų. Jie puoselėjo viltį turėti savo parapiją ir bažnyčią. Kunigas Bronislovas Vaikšnoras rašo, jog 1919 m. jie siuntę Seinų vyskupui prašymą, kad čia įkurtų parapiją. Tam jie buvo paskyrę ir žemės sklypą. Dėl neramumų, lenkų siautėjimo šis sumanymas nebuvo įvykdytas. 1922 m. kun. J. Galeckas, Kučiūnų ir Šlavantų parapijų organizatorius, vėl ėmėsi iniciatyvos, kad Gerdašiuose parapija būtų įkurta. Deja, veiklus kunigas staiga mirė, ir vėl kuriam laikui ši idėja pritilo. Tik 1935 m. gruodžio 5 d. Vilkaviškio vyskupas Antanas Karosas įpareigojo Leipalingio parapijos vikarą jauną kunigą, Pranciškų Šukį (g. 1903 m.), organizuoti Gerdašių parapiją. Netrukus, susitvarkius steigimo dokumentus, kunigas Pr. Šukys atsikėlė gyventi į Gerdašius, kur jį iškilmingai pasitiko Dzūkai.

Kaimas skyrė bažnyčiai žemės prie miško, ant kalniuko, o netoliese, miškelyje, buvo numatyta vieta kapinėms. Gerdašių parapijai buvo priskirti šie Kapčiamiesčio ir Leipalingio parapijų kaimai: Gerdašiai, Bugieda, Butelionys, Diržai, Guronys, Krivonys, Lipliūnai, Norkūnai, Sirguškė, Sventijanskas ir Varviškė. Minėtų parapijų klebonai buvo nepatenkinti, nes nuo jų parapijų atsiskyrė apie tūkstantis žmonių.

Pirmąsias mišias laikinoje Gerdašių bažnytėlėje, įrengtoje ūkininko Vaclovo Dūdžio troboje, 1935 m. gruodžio 8 d. aukojo klebonas kun. Pranciškus Šukys. Dalyvavo Veisiejų ir Kapčiamiesčio klebonai. Bažnytėlei suteiktas Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo prasidėjimo vardas.

1937 m. pradėta statyti laikina bažnyčia, kiti pastatai. Jau 1938 m. bažnytėlėje įrengtas didysis altorius, įtaisyti vargonėliai, parūpinta bažnytinių rūbų, liturginių indų. Kai lėšų trūkdavo, energingas jaunas klebonas, gavęs gretimų parapijų klebonų sutikimą, lankė jų žmones ir rinko aukas savo bažnyčiai. Ruoštasi mūrinės bažnyčios statybai: parengta aikštelė, parūpinta tūkstančiai plytų, iš gretimų kaimų laukų ir panemunės, net nuo Liškiavos, privežta gausybė akmenų. Pamaldūs, darbštūs kaimo žmonės ir kun. Pranciškus Šukys tarėsi laukuose įrengti Jėzaus Kristaus kelią – kančios stoteles. Tuo laiku Gerdašių parapijoje buvo 1315 katalikų. Deja, 1939 m. kilo Antrasis pasaulinis karas. Visi minėti darbai sustojo.

1940 m. parapijos žemė ir pastatai buvo nacionalizuoti: sukauptos statybinės medžiagos karo metu buvo subombarduotos, likusios – išgrobstytos. Praūžus karui, prasidėjo neramūs pokario metai – represijos, suėmimai, tremtys, ginkluotas pasipriešinimas sovietinei okupacijai. 1946 m. klebonas Pr. Šukys, saugumo įtartas kaip partizanų rėmėjas, buvo suimtas, nuteistas 10 metų. Parapija liko be kunigo. Iki 1955 m., kol Gerdašiams buvo paskirtas iš lagerio grįžęs kun. Petras Bagdonas, kartą per mėnesį šioje bažnyčioje pamaldas laikė Leipalingio parapijos kunigai.

Po dvejų metų į Gerdašius buvo paskirtas kun. Viktoras Naujokaitis (1920–1982), kuris čia klebonavo iki 1965 m. Jo rūpesčiu buvo pradėtas didelis bažnyčios remontas, kurį tęsė 1965 m. paskirtas klebonas Pranciškus Račiūnas (1919–1997), paleistas iš sovietinio kalėjimo. Medinė bažnyčia pradžioje buvo paprastas stačiakampis namas dvišlaičiu stogu ir maža kvadratine stoginėle (stogmenėliu) varpeliui pakabinti. Remontuojant ant priekinės stogo dalies buvo uždėtas stačiakampis bokštas – kaip varpinė. Virš durų – didelis kvadratinis langas su devyniomis padalomis. Sienos apkaltos stačiomis lentelėmis. Šoninėse sienose įdėti stačiakampiai langai, o greta zakristijos pristatyta stiklinė veranda. Pagražintas ir didysis altorius.

1969 m. rugsėjo pirmą dieną į Gerdašius klebonu buvo paskirtas kun. Juozas Radzevičius (1921–2001), kilęs iš Petroškų kaimo. Po trijų mėnesių jis perkeltas į Didvyžių parapiją. 1969 m. gale į Gerdašius atvyko kun. Lionginas Kunevičius (1932–1994), žinomas pogrindinės katalikų spaudos redaktorius. Jo rūpesčiu šventorius aptvertas cementine tvora, sutvarkyta bažnyčios aplinka. Kunigas 1976 m. buvo iškeltas į Būdvietį.

Nuo 1977 m. Gerdašiuose kunigavo kleb. Pranciškus Adomaitis (1911–2008). Prieš tai buvo Leipalingio altaristas. Dvidešimt metų kalėjęs lageriuose, daug kančių juose patyręs, buvo jautrus nelaimės ar ligos ištiktiems žmonėms, uoliai rūpinosi bažnyčia ir jos žmonėmis. Po jo keletą metų į Gerdašius iš Druskininkų atvažiuodavo kun. Pranas Perlaitis (1931–2011).

Nuo 2005 m. parapiją aptarnavo Liškiavos Švč. Trejybės bažnyčios kleb. kanauninkas Valius Zubavičius. Po daugelio kunigiškos tarnystės metų, 2013 m. buvo pakeistas ilgametis parapijos klebonas, jis Vilkaviškio vyskupo Rimanto Norvilos dekretu atleistas iš Gerdašių parapijos klebono pareigų ir paskirtas į Kauną, Šv. Kazimiero parapiją Aleksote. Į Gerdašių Švč. Mergelės Marijos Nekalto prasidėjimo parapiją buvo paskirtas buvęs Šventežerio parapijos klebonas kun. Jonas Cikana.