Bažnyčia yra Raseinių rajone, Lyduvėnų miestelyje, vaizdingame Dubysos slėnyje, dešinio Dubysos intako Dratvens dešiniajame krante. 1594 m. Lyduvėnuose minima pirmoji krikščionių šventovė – naujai pastatyta evangelikų reformatų (kalvinistų) bažnyčia ir prie jos buvęs pamokslininkas.

XVIII a. pirmojoje pusėje pradėta statyti mūrinė bažnyčia, tačiau mirus Lyduvėnų dvaro savininkui statyba sustojo. 1755 m. darbai vėl atnaujinti, tačiau pristigę tinkamo meistro, 1763 m. Stanevičiai iš Tytuvėnų pasigrobė Mykolą Mejerį ir bandė jį jėga priversti negaunant atlygio baigti bažnyčios statybą.

Iš plytų ir akmenų mūryta ir nutinkuota bažnyčia turi vėlyvojo baroko bruožų. 1907 m. kleb. Juozas Janulaitis prie bažnyčios pristatė mūrinį bokštą-varpinę. Karo metu, 1944 m. rugpjūčio 3 d. bažnyčia sudeginta, liko tik keturios plikos sienos. Anot tuometinio Šiluvos dekano kun. P. Katelos, „bažnyčia visai sugriauta, liko tik gruzų krūva, apie jos atstatymą negali būti nei kalbos“. Bažnyčios atstatymu teko rūpintis vietoje 1945 m. liepos mėn. suimto klebono Broniaus Gaižučio (buvo Kęstučio apyg. partizanų ryšininkas) paskirtam kunigui Julijonui Kazlauskui.

Koplyčia įrengta klebonijoje ir jau iki 1945 m. rudens kunigas su parapijiečių pagalba šiek tiek suremontavo sienas, bent laikinai uždengė stogą, nors buvo kilę minčių senąją bažnyčią iš viso ne atstatyti. Norėta naują šventovę statyti ne dauboje, o ant kalno, netoli geležinkelio stoties. Negavus leidimo naujoms statyboms, teko atstatyti sudegusią bažnyčią. Iki karo bažnyčios bokštą vainikavo smailė su virš jos iškeltu kryžiumi. Atstatant bokštas uždengtas žemesniu piramidės formos stogu.

Atstatant bažnyčią kun. J. Kazlauskui teko išspręsti netikėtą uždavinį, nes XX a. pradžioje pristatant bokštą buvo pakeista didžiojo altoriaus vieta – jis nukeltas į priešingą bažnyčios galą. Todėl kunigui teko perprojektuoti bažnyčią ir didįjį altorių įrengti rytinėje bažnyčios pusėje, tačiau tik 1975 m. buvo užmūrytos durys, priminusios, kad altorius anksčiau buvo kitoje vietoje.

Dabartinį bažnyčios interjerą sukūrė vienuoliai jėzuitai – 1965-1979 m. Lyduvėnų klebonu dirbęs kunigas tėvas Jurgis Smilgevičius ir jam talkinęs auksinių rankų meistras brolis Jonas Bandžiukas.

Jonas Brigys