Šio vienuolyno pradžia siejama su pirmuoju 1591 m. Mikalojaus Kristupo Radvilos Našlaitėlio (1549–1616) funduotu pirmuoju moterų vienuolynu tuometinėje Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje – Nesvyžiaus benediktinių vienuolynu ir Šv. Eufemijos bažnyčia (titulą bažnyčia įgijo pagal Našlaitėlio žmonos Elžbietos Eufemijos Višnioveckos Radvilienės (mirė 1596 m.) vardą). Į Nesvyžių vienuolės atvyko iš Kulmo benediktinių vienuolyno Prūsijoje, buvusio tuometinės Lenkijos Karalystės teritorijoje. Į šį naujai funduoją vienuolyną įstojo Andriejaus Skorulskio duktė Ona Skorulskytė, kuri 1604 m. tapo s. Eufemija. Vėliau įstojo Našlaitėlio Radvilos dukterėčia, Kristina Radvilaitė, kuri 1621 m. gavo taip pat s. Eufemijos vardą. Ji tapo trečiąja šio vienuolyno abate 1630 m. Nesvyžiuje funduota bendruomenė tapo svarbi Kauno seserų benediktinių vienuolyno istorijoje.

Kiekviena benediktinių bendruomenė, rašo Popiežius Jonas Paulius II, tebūna ant kalno pastatytas miestas. Tegul gyvena atokiau nuo aplinkinio pasaulio šurmulio, bet tebūna visada atvira vargšams, piligrimams, visiems, siekiantiems priartėti prie Evangelijos tiesos. Tokia bendruomenė buvo funduota iš Nesvyžiaus 1621–1627 m. Andriejaus Skorulskio iniciatyva Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje, Kaune, netoli Šv. Mikalojaus bažnyčios, jai paskyrus Švč. Mergelės Marijos Apreiškimo titulą. Pirmąją šio vienuolyno abate ir buvo inauguruota s. Eufemija Ona Skorulskytė, kuri dar su devyniom seserimis 1622 m. iš Nesvyžiaus atvyko į Kauną. Tačiau nuolatos apsigyveno su būsima abate dar septynios seserys, kadangi tuometinė Nesvyžiaus abatė ir Kristina Radvilaitė sugrįžo į Nesvyžiaus vienuolyną. Tad aštuonios seserys pradėjo Kauno benediktinių bendruomenės gyvavimo istoriją. Ir ši bendruomenė pradėjusi po fundacijos plėstis iki pat XXI a. pr. išlaikė savo tęstinumą ir niekada nebuvo išnaikinta. Taigi atsiradus šiai naujai bendruomenei Kaune nuo XVII a. pirmosios pusės, apie jos istoriją galima prirašyti visą didžiulę, tikriausiai ne vieno tomo monografiją. Dėl šios priežasties bus išryškinti tik keli pagrindiniai, vienuolyno gyvenimą pasuksiantys į vieną ar kitą pusę, įvykiai. XVII a. vidurio Lenkijos – Lietuvos valstybės karas su Maskva buvo vienas baisiausių LDK istorijoje, taip pat ir Kauno, nes 1655 m. rugpjūčio 18 d. Rusijos kariuomenė okupavo Kauną. Rusai iš Kauno buvo išvykti tik 1661 m. gruodžio 2 d. Ši okupacija stipriai palietė kiekvieną Kauno gyventoją. Šalia kariuomenės niokojimų prisidėjo maro epidemija ir badmetis. Karo metu Maskvos kariuomenė apskritai ypač negailėjo LDK Katalikų bažnyčių ir vienuolynų, kurie patyrė stiprius nuniokojimus. Reikia pasakyti, kad tuo metu LDK vakarinę dalį užpuolė kitas priešas – Švedija, okupavusi Žemaitiją.

Gresiant karui, pirmosios savo namus paliko Smolensko ir Oršos benediktinės. Nėra aišku, kas atsitiko su Minsko benediktinėmis. Nesvyžiaus benediktinės pabėgo į Gdanską, kur praleido karo metus. Maskolių antpuolis buvo pragaištingas Vilniaus benediktinių vienuolynui (funduotam nuo 1620 iki 1622 m.). Ką tik 1650 m. abatės Marijonos Kučkovskytės (Kuczkowska) iniciatyva pastatyti vienuolyno ir bažnyčios pastatai buvo nuniokoti, 1655 m. rugpjūčio 18 d. žuvo penkios seserys, likusios pabėgo ir prisiglaudė Kauno benediktinių vienuolyne, kuris taip pat atsidūrė okupacijos zonoje. Vilniaus benediktinės į Kauną atsinešė pasakojimą apie baisias bažnyčioje surengtas vienuolių žudynes, kuris laikui bėgant išvirto į legendą, kad būtent Kauno vienuolės buvo žiauriai išžudytos priešo kariuomenės. Tokie pasakojimai ir šiandien gyvi Kauno benediktinių vienuolyne. Seserys turi stiprų empatijos jausmą, gebėjimą įsijausti į kito nelaimę ir ją išgyventi kaip savą. Žudynes išgyvenusioms vienuolėms buvo leista kaip kančios ženklą nešioti prie veliumų prisiūtus raudonus kryželius, tokius nešiojo ir Kauno benediktinės. Labai mažai išliko žinių kaip gyveno benediktinės okupacijos metais. Kai kurie duomenys rodo, kad seserys greičiausiai pabėgo iš maro apimto miesto, išsiskirstė ir karo metus praleido palivarkuose: Paštuvoje bei Sudvoiškiuose. Karų sukeltos netektys sutapo su pirmosios vienuolyno abatės Onos Eufemijos Skorulskytės mirtimi 1657 m. Gali būti, kad ji mirė ne Kaune, o viename iš palivarkų. Tai buvo dvigubas smūgis karo alintam vienuolynui. Po šių nelaimių vienuolynas buvo kitoks tiek dėl materialinių ir dvasinių nuostolių, tiek dėl vadovybės pasikeitimo. Kataklizmai keitė to meto žmonių pasaulėžiūrą, suklestėjo barokiškojo pamaldumo formos. Bendruomenė atsigavo po šito lemtingo smūgio ir tęsė savas tradicijas, nors ir lyginant su kitais Vilniaus vyskupijos vienuolynais, Kauno benediktinių vienuolynas buvo vidutiniško dydžio. Savaime suprantama, jis negalėjo nei turtų nei vienuolių gausumu prilygti gerai aprūpintam motininiam Nesvyžiaus vienuolynui.

Sovietmečiu vienuolynas buvo paverstas bendrabučiu. Kitas smūgis, kuris buvo suduotas bendruomenei, tačiau jos nepalaužė, buvo 1864 m. caro valdžios įsakymas nebeleisti priimti jokių naujokių, o seserys buvo paliktos išmirti. Tai buvo gausių pokyčių ir caro administracijos varžymų periodas. Ištverdamos sunkumus, seserys bandė nuslėpti nuo caro valdžios tikrąjį vienuolių skaičių vienuolyne, tačiau buvo bejėgės prieš caro reikalavimus. Reikia pasakyti, kad Kauno benediktinių vienuolyne šiandien egzistuoja pasakojimas, kad XIX a. benediktinės, siekdamos, kad vienuolynas nebūtų uždarytas, mirus senajai vienuolei, slapta įšventindavo kitą vienuolę, jai suteikdamos tą patį vardą, taip apgaudamos caro administraciją. Tai – legenda, kadangi XIX a. vienuolių sąrašai liudija, kad buvo reikalauta rašyti ne tik vienuolių vardus, bet ir pavardes, nurodyti jų amžių, kilimo vietą, kada įstoję į vienuolyną, tad tiek suklastoti duomenis būtų sunku. Tačiau paprastai kiekvienoje legendoje yra grūdas tiesos, apaugęs įvairiais pasakojimais. Turėjo pakakti bent vieno ar dviejų atvejų, kad toks pasakojimas įsitvirtintų. Šiandien sunku pasakyti, kuri ar kurios vienuolės buvo davusios slaptus įžadus, nes tokie atvejai, savaime suprantama, niekur raštiškai nefiksuoti ir laiko tėkmėje pasimiršo. Tai galėjo įvykti 1864–1905 m. laikotarpiu, kai iš esmės buvo draustas noviciatas. Minėti neatitikimai sąrašuose apie amžinųjų įžadų priėmimo laiką, seserų nenoras teikti caro administracijai žinias apie vienuolyno sudėtį dar labiau sustiprina šią nuojautą. Kai 1905 m. yra atidaromas vienuolyne noviciatas, bendruomenė vėl pradeda savo naują klestėjimo laikotarpį. Nors galima pasakyti, kad 1911 m. vienuolyno vyresniajai tapus Varšuvos miestietei s. Kolumbai Cecilijai Baranauskaitei graži darnios bendruomenės iliuzija pradeda birti į šipulius, prasideda bendruomenės skilimo etapas. Ši nauja vienuolyno vyresnioji skatina tik lenkiškos kultūros puoselėjimą vienuolyne, paminant lietuvybę. Norint seseriai įstoti į bendruomenę reikia būti lenkiškos tautybės, kadangi tai liudija bajoriškumą. Dėl šios priežastys seserys keisdavosi dokumentus sulenkindamos savo pavardes, kad galėtų tarnauti Dievui ir žmonėms būtent šioje bendruomenėje. Tačiau viskas pasikeičia kuomet XX a. pradžioje, kuriantis tautinėms valstybėms, laikinojoje Lietuvos Respublikos sostinėje Kaune gyvenę benediktinės turėjo padėti šalyje puoselėti etnolingvistinę lietuvybę, o etnolingvistinio lenkiškumo daigai vienuolyne 1919–1924 m. buvo išrauti su šaknimis, 10 lenkuojančių seserų išsiuntus į Kolainius (tarp jų išvyko ir bendruomenę suskaldžiusi s. Kolumba). Likusios seserys 1924–1925 m. intensyviai ieško naujojo vienuolinio gyvenimo formų. Jos buvo pilnos entuziazmo ir noro gyventi naujojoje dvasioje, išlaikant benediktiniškuosius bruožus. Žinoma, šios vienuolės siekė praktiniame gyvenime jų vienuolyne nebeįmanomos popiežiškosios klauzūros panaikinimo ir vienuolyno jurisdikcijos perdavimo dieceziniam vyskupui. Prasidėjo bendruomenės klestėjimo ir atsigavimo laikotarpis. Prie to prisidėjo šiuo metu į šventųjų garbę norimi pakelti asmenys. 1926 m. vienuolinį gyvenimą atnaujinti bei modernaus gyvenimo sąlygoms pritaikyti seserims padėjo palaimintasis vyskupas Jurgis Matulaitis. Dvasinį vienuolyno būvį sustiprino vyskupas palaimintasis Teofilius Matulionis, 1938 m. įvedęs Švč. Sakramento adoraciją, kuris tuo metu ėjo bendruomenės kapeliono tarnystę. prieglaudoje.

Tarpukario metu benediktinių bendruomenė visoje vienuolyno istorijoje buvo didžiausia tiek pašaukimų skaičiumi, tiek išplitimo galimybėmis po visą Lietuvą. Žinoma, 1948 m. išvarius seseris iš vienuolyno, liepus išsikraustyti per 24 val. ir uždarius bažnyčią, bendruomenės seserys liko išsiskirsčiusios taip pat po visą Lietuvą, tačiau neprarado savo tradicijų ir papročių: vyko įvilktuvės, buvo duodami įžadai, seserys kartu melsdavosi taip išlaikydamos, kad ir deformuotą pagal tuometines istorines galimybes, benediktinišką tęstinumą. Pogrindžio sąlygomis gyvenančios seserys sugebėjo nešti Kristaus žinią ten, kur dirbdavo ir tarnaudavo: įvairiose vietose katechetizuojant vaikus, darželiuose, mokyklose, ligoninėse ir pan. Kai 1992 m. kovo 25 d. buvo atšventinta bažnyčia seserys pradėjo sugrįžinėti į vienuolyną, bandydamos išsaugoti tai, ką buvo praradę, tai lietė ne tik pasiilgtą bendruomeninį gyvenimą, bet ir paveikslus, tokius kaip šv. Marijos Magdelenos, šv. Mikalojaus, šv. Benedikto ir kitus