Po 1711 m. maro Kairių kapinėse pastatyta koplyčia. Popiežius Pijus VI 1792 m. sausio 3 d. bule Kairių koplyčiai paskelbė dvejus metinius atlaidus. Koplyčiai susenus, apie 1836 m. valstiečiai, remiami M. Zubovo, kitoje vietoje pastatė naują akmenų mūro koplyčią. Bažnytiniai reikmenys atvežti iš uždaryto Bazilionų vienuolyno. 1904 m. išplėsta, per Antrąjį pasaulinį karą apgriauta, 1959 m. atstatyta.

Po Pirmojo pasaulinio karo vadinama bažnyčia. Ją 1919 m. pabaigoje du kartus apiplėšė bermontininkai. Iki 1927 m. įsteigta parapija.

Per Antrąjį pasaulinį karą Kairių bažnyčia buvo apgriauta. Atstatyta 1959 m. Laikui bėgat supuvo medinės varpinės konstrukcijos, bokštui ėmė grėsti griūtis. Bažnyčios bokštas apie ketverius metus buvo užkonservuotas. Lėšų bokšto atstatymui gauta iš Europos Sąjungos fondų, o dar 20 procentų lėšų statybai surinko Kairių parapijos žmonės. 2011 m. naujasis bažnyčios bokštas tapo 5 metrais aukštesnis už senąjį. Varpinėje įrengta ir apžvalgos aikštelė, į kurią įlipę žmonės gali apžvelgti Kairių apylinkes. Atstatytoje varpinėje gaudžia senasis – dar 1789 m išlietas – varpas.