Tai pati seniausia Vilniaus bažnyčia, įsteigta dar Gedimino laikais į Lietuvą pakviestiems Hanzos sąjungos miesto amatininkams ir pirkliams.

Išmūryta ji buvo 1382-1387 m. LDK vietininko Vilniuje J.Jaunio (Janulio) rūpesčiu ir lėšomis. Šį statybos laikotarpį patvirtina archaiškos ankstyvosios gotikos architektūrinės bažnyčios formos. Bažnyčia minima dar 1387-1397 m. dokumentuose. Yra išlikęs 1514 m. bažnyčios konsekravimo aktas. Bažnyčia rekonstruota ir atnaujinta kelis kartus. Apie 1525 m. joje buvo išmūryti nauji tinkliniai skliautai. Po 1749 m. gaisro (apie 1750 m.) ir vėliau bažnyčios viduje padaryta daug pakeitimų: pristatytas rokoko stiliaus muzikos choras, padidinti šoniniai langai. 1812 m. prancūzai smarkiai apgadino bažnyčią. Vėliau prie bažnyčios buvo pristatytas bokštas ir ji buvo aptverta mūrine tvora. Ši bažnyčia - raudonų plytų, pastatyta Pabaltijo gotikiniu stiliumi. Bažnyčia trijų navų, joje yra trys altoriai. Didžiajame altoriuje yra kryžius, o tarp kolonų stovi keturios skulptoriaus Rapolo Jakimavičiaus sukurtos statulos: Šv. Kristoforo, Šv. Teresės, Kliaros ir Šv. Juozapo su Kūdikėliu. Kairiajame altoriuje - Šv. Mikalojaus paveikslas, tarp kolonų stovi Šv. Kazimiero ir Šv. Jurgio statulos. Dešiniajame altoriuje yra Sopulingosios Dievo Motinos bareljefas. 1930 m. Vilniaus lietuvių pastangomis bažnyčioje pastatytas paminklas Vytauto Didžiojo 500 metų mirties sukakčiai paminėti. Skulptorius Rapolas Jakimavičius padirbino jį iš vario ir marmuro. 1936 m. paminklą aptvėrė tvorele su dviem kardais, primenančiais kardininkų atsiųstus prieš Žalgirio mūšį. Po karo atidengta paminklinė lenta klebonui Krištapui Čibirui, klebonavusiam nuo 1924 m. iki 1942 03 23 ir žuvusiam nuo bombos, rusams pirmą kartą bombarduojant Vilnių. Vidurinės navos dešinėje pusėje stovi Šv. Antano skulptūra. Lietuviškos pamaldos bažnyčioje pradėtos laikyti nuo 1901 m. ir nuo to laiko niekada nebuvo nutrauktos. Per tą laikotarpį čia klebonavo kunigai: Juozas Kutka (1901-1906 m.), d-ras Antanas Viskantas (1906-1909 m.), Jurgis Januševičius (1909-1911 m.), Petras Kraujelis (1911-1912 m.), Vladislovas Jezukevičius (1912-1924 m.), Krištapas Čibiras (1924-1942 m.). Kartu su juo nuo 1936 m. čia darbavosi kunigai V.Taškūnas, Edmundas Basys ir Kazimieras Pukėnas. Tarpukariu, lenkų okupacijos laikotarpiu, tai buvo vienintelė bažnyčia Vilniuje, kurioje buvo meldžiamasi ir sakomi pamokslai lietuvių kalba. Prie bažnyčios buvo įsikūręs lietuvių kultūros židinys. Bažnyčios kieme buvo salė, kurioje vykdavo lietuvių organizuojami susirinkimai, paskaitos, vaidinimai, kalėdinės šventės vaikams. Be to, šiuose namuose gyveno klebonas K.Čibiras, kunigai V.Taškūnas ir E.Basys, o taip pat vienintelės lietuviškos mokyklos Vilniuje vedėjas B.Suduikis, kuris vienu metu dar ir vargonikavo šioje bažnyčioje Prieš karą ir grįžęs iš Sibiro tremties, bažnyčioje vargoninkavo J.Sinius. Čia buvo įsikūrusi žurnalo ,,Vilniaus aušra" redakcija. Po kun. K.Čibiro žūties šioje bažnyčioje dirbo kunigai Valiukėnas, Pavilionis, Saulius, Poškus, Kurauskas, Rirtkauskas, Blažys, Kovarskis, Kučinskas, Krivaitis, Valeikis, Kindurys, kunigas, o vėliau vyskupas Tunaitis ir kunigas Paulionis. 1997-2001 m. čia dirbo ir monsinjoras Kazimieras Vasiliauskas.

1972 m. bažnyčia restauruota pagal architekto J. Zibolio projektą

Vytautas Šiaudinis