Nustatyti tikslią Vilkyškių parapijos, kaip ir kitų senųjų Mažosios Lietuvos bendruomenių, įkūrimo datą sudėtinga: archyvai išblaškyti, populiariojoje literatūroje netrūksta iškraipymų. Vokietis J. Koppas teigia, kad Vilkyškių bažnyčia pastatyta 1549 m., B. Kviklys, H. Kurschatas nurodo vėlesnę datą - 1561 ar 1562 m. Savarankiška parapija organizuota bent keliais metais anksčiau, tikriausiai XVI a. penktajame dešimtmety, jos pirmasis kunigas - Johannas Schneeweissas.

1635 m. bendruomenės komitetas sudaro sutartį su Ragainės meistru Smilo, kad šis paaukštintų bažnyčios bokštą. Darbą jis, matyt, atliko, tačiau netrukus užeina neramūs laikai: 1662 m. įsiveržė švedai, jie nuniokojo kunigo namą, bažnyčią, kartojosi žemaičių antpuoliai, daug gyvybių nusinešė 1668 m. maro epidemija. Tęsiantis svetimų kareivių atakoms, bažnyčia buvo dar dukart padegta. Šimtmečio pabaigoj ji taip sumenko, jog Mažosios Lietuvos bendruomenėse buvo paskelbtas “rankius” Vilkyškių maldos namams atstatyti.

XVIII a. pirmoje pusėje didesnių nelaimių išvengta, tačiau 1757 m. prasidėjo Septynerių metų karas. Į Vilkyškius atjoję kazokai tuoj pat susirado kunigą Johanną Schwennerį, pareikalavo parodyti, kur paslėpta parapijos kasa, brangūs bažnytiniai indai. Kai tas atsisakė, daužė rimbais, kol pribaigė, padegė bažnyčią, kleboniją, mokyklą. Kelias savaites siautėjo plėšikaujančių kareivių būriai - grobė parapijiečių turtą, prievartavo moteris, net mėtė žmones į padegtus, liepsnojančius namus. Kai pagaliau pasitraukė, ruseno vien nuodėgulių krūvos. Iš septynių apylinkėje buvusių dvarų penki buvo nusiaubti, sudeginti. Likę be pastogės žmonės ieškojo, kur prisiglausti, kai kas patraukė net į Latviją.

Sudegintą bažnyčią atstatyti parapija pajėgė tik 1771 m. Po to ji dailinta, gražinta dar gerą šimtmetį. Tik 1896 m. ji įgavo prieš Pirmąjį pasaulinį karą turėtą išvaizdą. Tai buvo neoromantinio stiliaus plytinis pastatas su smailios formos bokštu. Jo trinavį vidų dengė lygios medinės lubos, čia buvo ganėtinai puošnus gotiško stiliaus altorius, Terlecki-El¬bing firmos vargonai. Bokšte kabėjo du varpai, išlieti 1772 ir 1814 m. Neprasti buvo ir sakraliniai rykai: du Karaliaučiaus auksakalių darbo sidabriniai, auksu dengti kielikai su juos dovanojusiųjų - Georgo ir Marijos Orochnerių bei Martino ir Elizabethos Heidemannų - pavardėmis bei įteikimo datomis (1653 ir 1700), paauksuotas padėklas ostijoms su įspaustu kryžiumi, dvi meniškos alavo žvakidės, iš vario iškaltas krikštijimo indas.

Bažnyčios viduje, priešais altorių, buvo valstybės veikėjo, Šereitlaukio dvarininko Gotfriedo Shoeno kapas. Dar keli šios giminės vyrų kapai buvo šventoriuje.
Iki 1709-1711 m. maro Vilkyškių parapija buvo ištisai lietuviška. Deja, epidemija nusinešė net 2 665 žmones. Atsikėlė zalcburgiečių, o dar anksčiau prieglobstį čia buvo radę iš savo tėvynės išvaryti Škotijos protestantai. XIX a. nacionalinė bendruomenės sudėtis buvo tokia: 1848 m. iš maždaug 6 000 parapijiečių lietuvininkų buvo du trečdaliai, t. y. apie 4 000, 1878 m. iš 4 253 užregistruotų žmonių lietuvininkų būta dar pusė. Nuo XX a. pradžios iki pat 1944 m. bendruomenės narių skaičius nesikeitė: visose ataskaitose nurodytas tas pats skaičius - 4 117.

Ilgoje, kelių šimtmečių Vilkyškių bažnyčios istorijoje įrašytos kelių dešimčių čia kunigavusių dvasininkų pavardės. Absoliuti dauguma jų - vokiečiai, lietuviškai kalbėti išmokyti Karaliaučiaus bei Halės universite¬tų lietuvių kalbos seminaruose, keli - neabejotinai lietuviškos kilmės. Be mūsų jau minėto kunigo J. Schneeweisso, dirbo Friedrichas Löbelis, Georgas Raschas, Jacobas Woywoda (Vaivada?), Thomas Schultzas, Marcus Naunienas, du Kristijonai Gedkantai (vyr. nuo 1674, jaun. 1690-1718 m.), Friedrichas Heydemannas. Pastarasis talkininkavo leidžiant Bibliją lietuvių kalba (1735 m.). Po jo - 1758-1780 - kunigavo Kaune gimęs, o prieš įšventinimą kunigu čia, Vilkyškiuose, keletą metų mokytojavęs Peteris Hirschfeldtas. Paskutinysis prieš Antrąjį pasaulinį karą šios bendruomenės kunigas buvo Emilis Friedrichas Leidereiteris (nuo 1930 iki 1945 m.).

Parapijos mokykla įkurta tikriausiai XVIII a. Žinoma, kad čia mokytojavo K. Behrendtas, Wanderis, K. Schmidtas, Krügeris, Ehbelis, Werneris, Roloffas, Szhimmatas bei kiti precentoriai. Įdomu, kad 1770 m. mokyklos mokymo priemonių sąraše minimos kelios lietuviškos knygos: “Nurodymas tėvams, kaip jų vaikai tikroje krikšto malonėje išlaikomi” (1 egz.) ir “Pamokslai apie atgailaujantį latrą ant kryžiaus” (2 egz.). O štai analogiškame Vilkyškių parapijos Kėleriškių kaimo mokyklos inventoriaus sąraše įtraukta ir “asilo lenta” - ją kabindavo ant kaklo tingiausiam, negabiausiam moksleiviui.

Po Antrojo pasaulinio karo parapija atkurta, tačiau egzistavo neilgai. Gerai išsilaikiusi bažnyčia atimta, paversta sandėliu. Vėl atgimsta 1993 m. Dabar bendruomenėje 110 žmonių, pamaldas laiko kunigas Mindaugas Kairys .