Istoriniuose šaltiniuose Lyduokių dvaras pirmą kartą paminėtas 1499 m.

Rūmus projektavimo XIX a. kviestinis prancūzų kilmės architektas iš Peterburgo Leontijus Benua (1881 m.), taip pat suprojektavęs ir Lyduokių bažnyčią, savo stiliumi artimą Petro ir Povilo bažnyčiai Vilniuje. Dvaras priklausė Marikoniams.

Rūmai buvo mediniai, o ūkiniai pastatai mūriniai. Dvaro arklidės (1882 m.) yra unikalus architektūros statinys, su vidiniu kiemu ir savita puošyba, jos atspindi taip vadinamą "plytų stilių". Analogiškas statinys yra tiktai Žagarės žirgyne.