Rašoma, kad pirmoji bažnyčia Kuktiškėse pastatyta 1604 m., kai vyskupu buvo Benediktas Vaina. Tikriausiai ji buvo medinė. Tačiau ji buvo ne kartą perstatyta. 1644 m. čia stovėjo medinė bažnyčia, kurią 1689 06 09 pašventino Vilniaus vysk. Abraomas Vaina. Tuomet jos pamatai buvo akmeniniai. 1844 m. vizitacijos akte pateikiamas pilnesnis tos bažnyčios vaizdas. Bažnyčia dengta gontais, sienos apkaltos lentomis, fasadas paremtas keturiomis medinėmis kolonomis, ant fasado bokštelis, ant jo – geležinis kryžius. Kitas kryžius – stogo gale, virš didžiojo altoriaus, durys apkaltos ir apmuštos kailiu, langai devyni. Bažnyčios ilgis – 37 , plotis – 15, aukštis – 10 aršinų (2 aršinos – 1m). Zakristija medinė, dengta lentomis, durys viengubos, vienas langas su geležinėmis grotomis. Zakristijos ir bažnyčios grindys ir lubos medinės. Didysis Šv. Boleslovo altorius medinis, su dviem dažytomis kolonomis, altorius mūrytas, pakopos medinės. Antrasis Šv. Jono Krikštytojo altorius mėlynas, ant vienos pakopos. Trečiasis altorius su Jėzaus Nukryžiuotojo skulptūra. Ketvirtasis Marijos Škaplierinės altorius su marmuriniu portiku. Penktasis Marijos Nekalto prasidėjimo altorius iš keturių kolonų, marmuriniu portiku, medinėmis pakopomis. Vargonai 11 balsų, apsupti keturių kolonų. Yra paaukštinimas chorui. Sakykla dažyta žaliai, suolai šeši, yra juodas karstas. Daug paveikslų: Šv. Jono Krikštytojo, Šv. Tadeušo, Šv. Katrynos, Nekalto prasidėjimo, Šv. Stanislovo, Šv. Onos ir kt., tapytų ant drobės. Buvo vėliavų, kryžių, sidabrinių monstrancijų su spinduliais, dėžučių, taurių, natenų ir kt.

Varpinė ant akmeninių pamatų, trijų aukštų, kvadratinė, stogas dengtas lentomis, su kryžiumi, dvejos durys, 3 varpai. Metrikų knygos: krikšto pradėtos 1739, santuokos – 1747, mirusiųjų – 1747 m., besituokiančių egzaminų – nuo 1827 m. Gyvenamas namas, statytas 1790 m., 24X11 aršinų, 7 kambarių. 10 langų su langinėmis. Namas tarnams medinis, šiaudiniu stogu, kepykla, dvi kamaros. Ledainė iš akmenų, dengta šiaudais. Svirnas medinis, dviejų aukštų. Šiaudiniu stogu, šešių aruodų, šalia sandėlis, yra medinė daržinė, namas vargonininkui, 20X15 aršinų koplyčia. Bažnyčios žemė – apie 20 dešimtinių. 1864 m. dokumente kartojami tie patys dalykai kaip 1844 m. dokumente, tačiau yra naujų įrašų. Pvz., kapinese stovi medinė koplyčia su 6 balsų vargonais, koplyčioje 7 paveikslai. Kapinės aptvertos apipjautais rąstais, kapinių varpinė turi 2 varpus. Parapijos žemė yra Trimoniškyje (33 dešimtinės). Ten stovi gyvenamas namelis, daržinė ir kiti pastatai. Apie 1886 m. bažnyčia sudegė. Klebono Kazimiero Valiūno rūpesčiu 1891 m. atstatyta. Nauja bažnyčia – eklektinio stiliaus, H raidės pavidalo. Fasadas su keturiomis kolonomis. Yra du šoniniai priestatai fasado linijoje, kiti du – ties prasbiterija. Šoninės sienos suskaldytos, piliastrai sienose apie 20 į 54 padalas suskaldytų langų. Vidaus kolonos su aštuonbriauniais pjedestalais. Išgaubtos medinės lubos dekoruotais dažytais plofonais. Bažnyčioje 3 altoriai, daug paveikslų. Bažnyčios sienos iš pušinių rąstų, 30 m ilgio, 15 – pločio ir 9 m aukščio. Šonuose dvi zakristijos. 1931 m. bažnyčią lankė Kaišiadorių vysk. Juozapas Kutka. Jo vizitacijos akte pažymėtas bažnyčios inventorius, pastatai, žemė. Atsirado naujų pastatų. Pažymėta, kad ant kapų buvusi koplyčia 1925 m. nugriauta. Vargonai, altorius padovanoti Saldutiškio bažnyčiai.

Manoma, kad apie 1781 m. čia vikaravo Pranas Savickas. 1644 m. ir vėliau – Jonas Michnevičius. 1825–1834 m.- kunigas Andriejus Paskočynia - nuo 1834 m. Stanislovas Neviadomskis vikaravo XIX a. pirm. pus. 1860–1862 m. vikaras Juozapas Pikturna, 1864–1867 m. jis Kuktiškių parapijos administratorius. Už tai, kad klierikui Vincui Kašeliauskui 1868 m. leido pasakyti ,,kenksmingą“ pamokslą, uždarytas į Vilniaus vienuolyną. 1886–1900 – kunigavo Kazimieras Viliūnas, 1900–1906 m. - Jonas Ukranas, 1906–1939 m. - Kazimieras Daukša, 1940–1943 m. - Jonas Dzekunskas, 1943–1946 m. - Jonas Kamarauskas, 1946 m. - Česlovas Krivaitis, 1946–1947 Juozapas Voveris, 1946–1948 m. - Aleksandras Alkovikas, 1948 06 07 m. – 1948 09 07 Vincentas Sladkevičius, 1940–1949 m. - Pranciškus Gerbutavičius, 1950–51 m. - Mykolas Bugenis, 1952–1961 m. - Pranciškus Genevičius, 1952–1985 m. - Petras Budrauskas, 1985–1986 m. - Juozas Čeberiokas, 1986–1987 - m. Zigmas Stančiauskas, 1987–1989 m. Juozapas Kaminskas, 1989–1991 m. - Stasys Linda. Nuo 1991 m. Kuktiškėse klebonauja Saldutiškio dekanato dekanas Juozapas Čeberiokas. Vikarais čia dirbo Henrikas Surginevičius, Vincas Andriulevičius ir kt. Kuktiškių apl. ir parapijoje yra gimę kunigai: Juozas Bakšys, Jonas Kaušyla, Jonas Tutinas, Bronius Bulika, kanauninkas Antanas Meigys, Kazimieras Mindaugas Žilys, Jonas Mintaučkus ir kt.

Gediminas Isokas