Katalikų bendruomenė Vydmantuose įsikūrė 1996 m. Pirmaisiais metais pamaldos vyko kultūros namų salėje. Pirmą kartą šv. Mišios buvo aukojamos 1996 m. rugsėjo 15 d. Vėliau Vydmantų tikintieji persikėlė į buvusios pradinės mokyklos patalpas, kurios buvo įrengtos sujungus dvi klases. Pritaikant mokyklą maldos namams, daugelį darbų atliko patys bendruomenės žmonės. Buvo atnaujintos grindys, sutvarkytos lubos, durys, langai, tualetas, pagaminti klauptai 70-čiai žmonių, skirtos patalpos zakristijai, katechezės klasei. Įrengtas patogus, pritaikytas ir neįgaliesiems, įėjimas į koplyčią. Naujieji maldos namai užėmė apie 100 m². Visų darbų iniciatorė buvo Vydmantų gyventoja Birutė Viršilienė. Nuolatinio kunigo nebuvo, 1996-2016 m. sekmadieniais ir švenčių dienomis parapiją aptarnavo atvykstantys Palangos kunigai.

1997 m. birželio 24 d. Telšių vyskupas Antanas Vaičius įteisino Vydmantų katalikų bendruomenę, parapiją, pavadintą šv. Jono Krikštytojo vardu. Gretimoje Mokyklos gatvėje, į plento Kretinga–Palanga pusę, būsimos Vydmantų bažnyčios vietoje buvo pašventintas liaudies meistro Raimundo Puškoriaus padarytas kryžius su Marijos skulptūra. Masyvus kryžius pastatytas pagal nuomos sutartį su valstybe 99 metams įteisintame 1,64 ha ploto žemės sklype. Kryžius aptvertas tvorele, šalia pastatyti suolai.

2011 m. kovo 14 d. Vatikano Apaštališkoji penitenciarija išleido dekretą, suteikiantį Vydmantų koplyčiai visuotinius atlaidus. 2016 m. liepos 6 d. Žemaičių Kalvarijoje vyskupas Jonas Boruta dekretu Vydmantams paskyrė nuolatinį kleboną. Juo tapo kunigas Karolis Petravičius (g. 1981 m.), kilęs iš Telšių, kur Vincento Borisevičiaus kunigų seminarijoje baigė magistro studijas, o pastaruosius aštuonerius metus buvo Tauragės Švč. Trejybės parapijos vikaru. Netrukus, rugpjūčio 28 d., Vydmantų koplyčioje jis aukojo pirmas šv. Mišias. Pirmojo klebono didieji rūpesčiai – suburti gyvąją bendruomenę ir rūpintis bažnyčios statybos reikalais. Ant koplyčios sienos buvo pakabintas plakatas su būsimos Dievo Gailestingumo vardu pavadintos bažnyčios projektu.