Pirmoji bažnyčia stovėjo buvusioje lietuvių šventyklos vietoje. 1469 m. Kazimieras Jogailaitis, pasikvietęs vienuolius pranciškonus, davė jiems žemės vienuolynui ir bažnyčiai statyti. Pirmieji pastatai buvo mediniai, tad per gaisrą viskas sudegė. Mūrinė bažnyčia buvo pastatyta prie Šv. Onos bažnyčios. 1500 m. bebaigiant statybą, dėl silpnų pamatų dalis sienų ir lubų sugriuvo. 1512-1513 m. naujai buvo pastatyta bažnyčia ir vienuolynas. XVI a. antrojoje pusėje bažnyčia buvo gerokai padidinta. 1594 m. ji buvo pašventinta. 1655 m. rusai, užėmę miestą, apiplėšė vienuolyną, bažnyčią, išžudė vienuolius ir miesto gyventojus, besislepiančius vienuolyne. Paskui viską sudegino. 1677 m. bažnyčia buvo atstatyta, tačiau 1794 m. rusai vėl ją apšaudė.

Nors daug kartų perstatyta, bažnyčia išsaugojo viduramžių statybos žymes. Bažnyčioje buvo 14 rokoko stiliaus iš XVIII a. altorių. Iš 1710 m. yra išlikęs tik didysis altorius. Už altoriaus yra vieta vienuolių chorui su išpuoštomis kėdėmis. Kairėje - altorius su Dievo Motinos paveikslu, atsiųstu iš Romos popiežiaus Klemenso VIII 1598 m.. Bažnyčioje yra dvi koplyčios: Šv. Mykolo koplyčia, pastatyta 1600 m. ir Trijų Karalių, pastatyta 1632 m.

Bažnyčioje yra keletas paminklų: Petro Veselovskio ir jo vaikaičių, pastatytas 1634 m. ir Vladislavo Tiškevičiaus, LDK maršalo Stanislovo Radvilos, mirusio pakeliui į Romą 1599 m.. Yra dar ir mažesnių paminklų. Bažnyčioje yra karstas Simonui Kireliui, nužudytam 1592 m. Verta dėmesio 1690 m. sakykla. 1864 m. rusai uždarė vienuolyną, įkūrė jame kareivines ir pastatė antrą aukštą. Taip vienuolynas prarado senovinį pavidalą.

Bažnyčios dešinėje stovi varpinė. Tai 1874 m. pastatytas gotikines formas imituojantis statinys. Iš varpinės eina dvi eilės pertvertų siena laiptų į 1617 m. statytą koplyčią. Kairėje - marmuriniai su relikvijom pakopose, dešinėje - paprasti laiptai. Juos įtaisė 1746 m. Jonas ir Marijona Milkevičiai, kurie po šia koplyčia ir palaidoti. 1812 m. prancūzai koplyčią sunaikino, bet 1920 m. ji buvo vėl atstatyta. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia buvo uždaryta ir paversta sandėliu. Ja naudojosi Dailės institutas. Šiuo metu vyksta bažnyčios restauravimo darbai. 1992 m. ji grąžinta vienuoliams bernardinams, o 1994 m. - pašventinta.

Vytautas Šiaudinis