Jau nuo 1819 m. visi autoriai sutaria, kad Šv. Onos bažnyčia - pasaulinės reikšmės gotikinės architektūros paminklas. Pirmosios žinios apie medinę Šv. Onos bažnyčia siekia 1394 m.

Manoma, kad Šv. Onos mūrinė bažnyčia pastatyta 1495-1500 m., o pašventinta 1501 05 22. 1502 m., sugriuvus Bernardinų bažnyčiai, vienuoliai pamaldas perkėlė į Šv. Onos bažnyčią, tačiau ji liko parapine. Bažnyčios mecenatas buvo Didysis Lietuvos kunigaikštis Aleksandras (1460-1506). Nors tikrasis Šv. Onos bažnyčios kūrėjas nežinomas, spėjama, kad ji yra architekto Mykolo Enkingerio kūrinys. 1501-1507 m. jis atstatė Bernardinų bažnyčią bei vienuolyno ansamblį.

Mykolas Enkingeris buvo Gdansko miesto pilietis. Būdamas dailide, jis ilgai darbavosi Vilniuje, vėliau dirbo Gdanske, Marienburge, Karaliaučiuje. Gdanske jis jau dirbo valdininku. Po 1564 m. gaisro Šv. Onos bažnyčia buvo apleista. Tik 1581 m. Mikalojus Radvila bažnyčia atstatė ir vėl ja konsekravo.

Vilniaus universiteto profesoriaus Moravskio tvirtinimu, Šv. Onos bažnyčia - plačiai paplitusio XVI a. Nyderlanduose, vėlyvojo prancūzų ir flamandų gotikos stiliaus statinys. Dabartinėje Belgijoje yra daug šios architektūros pavyzdžių. Bažnyčia yra stačiakampė, 22 m ilgio ir 10 m pločio. Frontono kompozicija yra didžiausias architektūrinės vertės kūrinys: jame trys lengvi grakštūs bokštai šauna tiesiai į dangų, o ansamblio visuma - žavinga harmonija. Šiam mūrui panaudota mažiausiai 33 tipų fasoninės geltono molio plytos. Tik po 1761 m. gaisro aprūkus sienoms, mūras iš vidaus buvo aptinkuotas, o išorė nudažyta raudonai. Vietoj medinių stogo konstrukcijų sumūryti skliautai. Nors Napoleonas žavėjosi Šv. Onos bažnyčios grakštumu, jo kareiviai 1812 m. sudegino visą bažnyčios medinį inventorių. 1848-1859 m. Šv. Onos bažnyčia buvo dar kartą restauruojama. Tinkas buvo nudažytas raudonai ir su dažais imituotos plytų mūro siūlės. 1867 05 10 bažnyčioje vėl kilo gaisras, po kurio buvo suremontuoti langai, durys ir stogas. 1872 m., tiesiant gatvę, buvo nugriauta, taip vadinama, Šulco varpinė ir pastatyta nauja, gotikines formas imituojanti varpinė, kuri ir šiuo metu tebestovi.

1902-1909 m. bažnyčia buvo vėl restauruojama, nes kilo pavojus jai sugriūti. Varšuvos restauratorius J.P. Dzenkonskis sutvirtino pamatus, nudrenavo ir nusausino teritoriją, sienas sutvirtino metalinėm templėm, permūrijo skliautus, atstatė išbyrėjusias plytas, nulupo išorinį tinką, o į plytas įdėjo jau raudono molio. Mūro skliautai šiai architektūrinei konstrukcijai yra per sunkūs, o sienų sutvirtinimas metalinėm templėm yra uždelsto veikimo bomba. Metalas koroduoja ir, laikui bėgant, statinys gali sugriūti.

Dar kartą bažnyčios remontas vyko jau lietuvių jėgomis. 1969-1972 m., architektams J.Bartkūnui ir N.Kitkauskui vadovaujant, buvo restauruoti smarkiai apirę bažnyčios bokšteliai. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia nebuvo uždaryta ir joje visą laiką vyko pamaldos.

Šių laikų menotyrininkė Kristina Makovska neigia M.Enkingerį buvus Šv. Onos bažnyčios architektu, nes šis statė Bernardinų bažnyčią. Jos nuomone, abiejų statinių konstrukcijos labai skiriasi. Pagal K.Makovskos hipotezę, Šv. Onos bažnyčia - Vladislovo Jogailaičio architekto Benedikto Rido kūrinys. Ridas statė Prahos katedra bei Krokuvos Vavelį. Yra išlikę duomenų, kad Vladislovas Jogailaitis buvo pasiuntęs Benediktą Ridą į Vilnių kartu su meistru Jakovu. Pastarojo vardas įrėžtas ant Šv. Onos bažnyčios plytų. Architektas mirė apie 1531-1534 metus. Vladislovo Jogailaičio parėdymu nutapytas jo atvaizdas šiuo metu kabo Prahos katedroje.

Vytautas Šiaudinis