Pirmoji, medinė, bažnyčia pastatyta iki 1636 m. ir pašvęsta Šv. arkangelui Mykolui. Antrąją 1680 m. pastatė Šakyną valdęs žemaičių seniūnas M.Bergas. Jai dovanotas valakas žemės. Iš Šakynos seniūnijos klebonas gaudavo pinigų ir pyliavą.

1789–1790 m., baroko ir klasicizmo epochų sandūroje, pastatyta legendomis ir pasakojimais apipinta dabartinė bažnyčia, kuri su vėliau pastatyta kapinių koplyčia sudaro darnų ansamblį. Statybą vykdė ir rūpinosi statybininkai savamoksliai – Livonijos garbės kanauninkas klebonas Juozapas Antanas Varanavičius (1747-?) ir valstietis Žvirblis. Jie pasistatė plytinę, degė plytas, rinko laukuose akmenis ir vadovavo bažnyčios statybai.

Bažnyčia, nors ir nedidelė, primena viduramžių tvirtovę. Tiek siluetas, tiek plano struktūra tarsi sufleruoja, kad statytojui imponavo Šiaulių aukštoji bažnyčia, nors vietos architektui išėjo savaip. Masyvūs mūrai, siaurutės angos, gremėzdiški, aukšti ir nedailūs laiptai, kur patamsy belendant kas žingsnis gresia nusisukti sprandą, nišos sienose, gausi liaudies spalvota tapyba, senas, XVIII a. menantis inventorius – visa tai brangi, fiksuotina medžiaga.

Bažnyčia stačiakampio plano, su liaudiškoms bažnyčioms būdinga trisiene apside, lakoniška, be jokių stiliaus bruožų, sumūryta iš akmenų ir baltai nutinkuota. Šventovės unikalumą atskleidžia fasadų dekoras – jie nutinkuoti taip, kad matytųsi gilumoje slypinčių lauko riedulių viršūnės. Baltu tinku švytinti bažnyčia iš tolo atrodo tarsi nusagstyta brangakmeniais. Lauko rieduliams suteikta dekoratyvinė, lygių fasadų monotoniją pagyvinanti funkcija.

Kaip Varna su Žvirbliu Šakynos bažnyčią statė (Užrašė Vilius Puronas)

Dabar sunku pasakyti, kas lėmė tokią architektūrinę statinio išraišką – toji tradicija ar spalvinga, savaip garbinga klebono, narsaus savo ganytojiškų teisių gynėjo, keistuolio, šios bažnyčios fundatoriaus ir statytojo sutana apsivilkusi neeilinė asmenybė. Turbūt abi šios ir dar kitos priežastys lėmė to paminklo atsiradimą. Iki mūsų dienų išliko padavimai ir pasakojimai apie tuo laiku Šakynoje kunigavusį narsųjį „bažnytinį ekstremistą“ ir nenuoramą, stipruolį kunigą Juozapą Varanavičių, parapijiečių vadintą tiesiog Varna.

Varna buvo gana paprasta, neišdidi prasčiokė, nemėgusi prabangos ir mylėjusi fizinį darbą. Tačiau, kas svarbu, nors ir buvusi pikta, bet labai bičiuliškai su kitu panašiu stipruoliu Žvirbliu. Draugai susitarė pastatyti naujoje vietoje stiprią mūro bažnyčią, vietoj senosios medinės, išstovėjusios bene šimtmetį. Patys ėmė vežti iš lauko akmenis ir suvežę pradėjo mūryti. Žmonės juokavę: „Matysim, kaip Varna su Žvirbliu pastatys bažnyčią...“ Tačiau darbas vykęs puikiai.

Rašytojas Augustinas Gricius, kilęs iš tų kraštų, mena pasakojimą, kad patį didžiausią bažnyčios ar koplyčios akmenį, draugiškai lenktyniaudamas su Varanavičiumi, pats vienas atritino bajoras Žvirblis iš Žvirbliškių akalicos. Senieji Šakynos gyventojai tą riedulį, įmūrytą pamatuose, parodo smalsuoliams. Šis stipruolis buvo tolimas rašytojo giminaitis.

Varna su Žvirbliu taip smarkiai dirbę, kad parapijiečiai jokiu būdu negalėję atsistebėti jų jėga, sumanumu, bičiulyste ir smarkiu darbo tempu. Didžiuliai akmenys taip greitai ir lengvai galiūnų buvo kilnojami, jog rodėsi, kad jie – besvoriai. Bičiuliai dirbo už dešimtį žmonių, ir greitai pastatas buvo sumūrytas, nors išėjo truputį kreivas, ypač bažnyčios bokštas. Tačiau niekis: vis vien gražu.