Parapija įsteigta 1416 m. Kaltinėnų bažnyčia išgyveno penkis gaisrus. Dabartinė bažnyčia – jau šeštoji. Apie 1620 m. buvo pastatyta nauja. 1732 m. pastatyta trečioji. 1820-1826 m. pastatyta ketvirtoji. 1880 m. sudegė. 1887 m. atstatyta. Priešpaskutinę, 1896 m. statytą bažnyčią ugnis suniokojo 1986 m. Iš senų laikų beliko tik tradicinė akmenų mūro tvora su vartais ir medinė varpinė, kuri po gaisro buvo perstatyta į laikiną koplyčią. 1990–1995 m. buvo pradėti ir užbaigti modernios bažnyčios atstatymo darbai, klebonaujant Petrui Linkevičiui.[1] Laikinoji koplyčia, stovėjusi šventoriaus kampe prie pagrindinio įėjimo, 2011 m. vasarą buvo nugriauta.

Vytautas Didysis, atvykęs antrą kartą į Žemaitiją jos krikštyti, liepė Kaltinėnuose pastatyti vieną pirmųjų bažnyčių šiame regione (viena iš septynių Vytauto Didžiojo pastatytų Žemaitijoje). Vėliau žemaičių vyskupui Motiejui užrašė 10 Kaltinėnų gyventojų kartu su jų žeme ir pavedė juos valdyti miestelio klebonui. Nuo to laiko parapija apie 400 metų buvo tiesiogiai pavaldi vyskupui.

Prie Kaltinėnų bažnyčios kažkada buvo dvi altarijos – Varsėdžių ir Jauniškės. Varsėdiškė įsteigta apie 1850 m. vyskupo Melchioro Giedraičio – su Varsėdžių kaimu, turinčiu 12 valakų žemės. Antroji altarija, vadinama Anciške, buvo funduota 1691 m. kovo 15 d. našlės Sofijos iš Daugėlų. Anciške vadinta pagal namo savininko pavardę. 1710 m. kunigas Ignas Piasevičius šiai altarijai užrašė Pesių kaimą, kuris vėliau tapo klebonijos nuosavybe.

Bažnyčia 1986 m. kilusio gaisro metu visiškai sudegė.

Sudegusių maldos namų atstatymui pasirinktas modernios bažnyčios projektas (arch. Regimantas Andriuškevičius). Kaip ir senoji bažnyčia, taip ir naujoji yra dvibokštė. Pakeista tik bokštų forma – jie trikampiai. Nors bažnyčios plotas toks, kaip ir prieš tai stovėjusios, naujosios bokštai – kiek aukštesni. Taip pat bažnyčioje įrengta erdvi salė. Norint tai padaryti, teko iškasti 5 m gylio rūsį. Tačiau taip buvo sunaikinta galimybė archeologams ištirti bažnyčios istoriją. Dėl šios priežasties neįmanoma nustatyti, kur stovėjo pirmoji bažnyčia, kitų istorinių faktų.

Tiek bažnyčios išorė, tiek vidus – išskirtiniai. Originalų altorių sudaro kylantys į dangų laiptai, o ant jų – 4 m aukščio Prisikėlusio Kristaus skulptūra, nulieta iš balto marmuro ir bronzos (dail. Alfonsas Vaura). Virš altoriaus šiemet įrengtas vitražas – akis trikampyje, kuri yra Švč. Trejybės simbolis. Kadangi Kaltinėnų bažnyčioje nėra paveikslo ar altoriaus, pavadintų šv. Jono Krikštytojo vardu, nuspręsta sukurti Dievo apvaizdos ženklą, kuris siejasi ir su krikšto istorija. Taip akcentuojama bendrystė – Dievo akis, Dievo sūnus ir bendruomenė.