Kada Akmenėje pastatyta pirmoji bažnyčia, nėra aišku. Manoma, kad ji atsirado XVI a. pradžioje, besikuriant Akmenei. Karalienė Ona 1596 m. pastatė naują medinę bažnyčią, su šiaudiniu stogu. Kunigas Pranciškus Kaubravičius XVIII a. gale įsteigė altariją ir pastatė jai trobesius. Klebono kunigo Antano Naudžiūno rūpesčiu ir parapiečių lėšomis 1912 m. buvo pastatyta nauja mūrinė neogotikinė šv. Onos vardo bažnyčia, kuri buvo pakonsekruota vyskupo Pr.Karevičiaus 1920 m..
Ši bažnyčia nuo 2004 m. yra Lietuvos Respublikos nekilnojamųjų kultūros vertybių registro Statinių komplekso sąraše