Dabartinė Panoterių Šv. Kryžiaus Atradimo bažnyčia pastatyta 1994-aisiais. Tai dvibokštė plytų mūro bažnyčia.

Žemės sklypą koplyčiai pastatyti Panoteriuose dar 1441 m. Baltramiejus Urbonaitis padovanojo Siesikų bažnyčiai. 1584–1700 m. koplyčia priklausė evangelikams reformatams, vėliau sudegė, dėl jos buvo bylinėjamasi. Iki 1774 m. pastatyta katalikų koplyčia. Koplyčia buvo konsekruota Švč. Mergelės Dievo Motinos titulu.

1864 m. kunigo Juozapo Sakalausko ir parapijiečių lėšomis koplyčia atnaujinta ir padidinta, paversta Siesikų parapijos filija, konsekruota Šv. Kryžiaus titulu.

Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia sudegė. 1946 m. maldos namai ir klebonija buvo įrengti mediniame, vienaukščiame gyvenamajame name.

Panoteriuose pradėta statyti bažnyčia. Ją statė parapijiečių bendrovių ir AB „Achema“ aukomis, rajono ir šalies biudžeto lėšomis. Klebonas kunigas V. K. Pesliakas samdė meistrus, rūpinosi statybinėmis medžiagomis. Bažnyčią projektavo architektė Birutė Kugevičienė, jos statybai vadovavo inžinierius Stanislovas Mitkus.

Naujosios bažnyčios statybai prireikė 200 tūkst. Plytų, 130 kubinių metrų žvyro, 87 tonų cemento, 21 tonos plieno, apie 100 kubinių metrų lentų. Baldų gamybai sunaudota maždaug 50 kubinių metrų apvalaus kietmedžio.

Išorinės bažnyčios sienos natūralios. Išvaizda ji primena neogotikinio stiliaus bažnyčią. Panoterių bažnyčia (su bokštu) yra 27 metrų aukščio.

Bažnyčios lubos arkinės. Jos apdaila medinė, medinis ir didysis altorius.