1806 m. Šilavote pastatyta medinė koplyčia. Iš Prienų atvykę kunigai joje kartais laikydavo pamaldas. 1895 m. Skriaudžių vikaro Antano Radušio rūpesčiu įkurta parapija. Jis suremontavo koplyčią, pastatė kleboniją ir ūkinius pastatus.

1898–1902 m. kunigo A. Radušio (Šilavote kunigavo 22 metus; čia ir palaidotas) pastangomis pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia.

1907 m. įsteigtas „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas Juozas Vaičaitis), įkurta biblioteka-skaitykla. Iki 1935 m. bažnyčioje klebonavo (vėliau buvo altarista) Vilniaus konferencijos dalyvis Adomas Lastauskas.

Bažnyčioje sumontuoti garsaus lietuvių meistro Jono Garalevičiaus pagaminti vargonai.