Pociūnėlių bajorkaimyje iki 1782 m. pastatyta koplyčia. Bajorai jai dovanojo žemės (dokumentai pasirašyti 1799 m.). Koplyčia 1782 m, tapo Baisogalos parapijos filija (nuo tų metų pradėtos rašyti ir metrikų knygos).

1792 m. įsteigta altarija. Bažnyčia 1805 m. perstatyta ir padidinta. Tauginaičių-Antanavos dvaro savininkas jai dovanojo 6 margus žemės. Vyskupas Motiejus Valančius 1856 m. bažnyčiai paskelbė Šv. Jono ir Šv. Martyno atlaidus. Pociūnėlių filialistas kunigas Vincentas Norvaiša už sukilėlių rėmimą 1863 m. uždarytas į Kauno kalėjimą. Jam, pasmerktam mirti, iš kalėjimo pavyko pabėgti.

Lietuvos katalikų bažnyčios kronika mini, kad administratorius kunigas Antanas Jokūbauskas 1976 m. už vaikų katekizavimą nubaustas 50 rb. Jam 1977 m. valdžia trukdė remontuoti bažnyčią.