Dalis Linkmenų parapijos su bažnyčia 1920 m. liko Lenkijos okupuotoje teritorijoje. Okupacinė valdžia 1925 m. iškėlė bylą Linkmenų klebonui Juozui Breivai už lietuvių kultūrinę veiklą. Jis pabėgo į Kirdeikius ir pradėjo rūpintis bažnyčios statyba. Lietuvos valdžia skyrė miško medžiagos ir 35 000 litų. 1926–1927 m. medinė bažnyčia buvo pastatyta (projektavo ir statybą prižiūrėjo inž. Litas). 1927 m. vyskupas Juozapas Kukta bažnyčią konsekravo. Kirdeikių klebonas J. Breiva stiprino lietuvybę, rėmė lietuvių partizanų judėjimą (mirė 1939 m. Palaidotas bažnyčios šventoriuje). Kirdeikiuose gimė lietuvių atgimimo veikėjas, poetas, aušrininkas, kunigas Silvestras Gimžauskas (1844–1897). 1936 m. pašventinti S. Gimžausko parapijos namai.

Bažnyčia istoristinė (vyrauja gotikos elementų imitacija), su trisiene apside ir priestatais prie jos, 2 bokštais ir išsikišusiu fasadu. Vidus 3 navų, atskirtų kolonomis.

Yra trys neogotikinio stiliaus altoriai: pagrindinis ir du šoniniai. 2009 metais altoriai ir sakykla restauruoti ir naujai paauksuoti, iškilmingas atnaujintų altorių atšventinimas įvyko rugpjūčio 15 dieną per Žolinės atlaidus, iškilmes celebravo Molėtų dekanas K. Kazlauskas.

Viename iš bažnyčios bokštų (varpinėje) kabo du varpai. Didysis "Benediktas" nulietas 1930 m. Varpas pakrikštytas jo fundatoriaus Benedikto Paukštės vardu. Mažasis varpas su lotyniškais įrašais nulietas XVIII a.. Varpas pakrikštytas kaimo gerbiamo žmogaus Jono Maciulevičiaus. Virš apsidos esančiame bokštelyje kabo dar vienas nedidelis varpas.