Antrojo pasaulinio karo metu senoji Klaipėda buvo naikinama. 1945 m. sausio mėnesį subombarduoti beveik visi maldos namai.

1945 m. gegužės mėnesį pasirašytu Telšių vyskupo prašymu jau tų pačių metų pabaigoje katalikams buvo atiduota irvingerių Apaštalų Bažnyčia, esanti Jūros aikštės ir Bokštų skersgatvio kampe. Tai buvusi vokiečių senkatalikų „Katolische Apostolische Gemeindekirche“ bažnyčia. Tais pačiais metais bažnyčiai suteiktas Kristaus Karaliaus titulas.

Nuo pokario iki 1988-ųjų Kristaus Karaliaus bažnyčia buvo vieninteliai veikiantys katalikų maldos namai Klaipėdoje.

1997 m. Klaipėdos Kristaus Karaliaus bažnyčia rekonstruota pagal architekto Sauliaus Prikockio projektą pristatant apsidę ir zakristiją.

Pagrindinio bažnyčios restauravimo idėjos įkvepėjo ir rėmėjo Ramūno Miliko rūpesčiu 2001 m. atliktas pastato kapitalinis remontas pagal architekto Sauliaus Manomaičio projektą, o bažnyčios interjeras papuoštas dailininkų Dalios Skardžiūtės, Carlo Bertagnin OFM ir Pauliaus Vaineikio OFM nutapytomis Kristaus Karaliaus ir Kristaus kančios kelio ikonomis. Pagrindinis bažnyčios vidaus interjero akcentas – centrinis altoriaus Kristaus Karaliaus paveikslas, nutapytas tuo pačiu stiliumi, kaip ir Kryžiaus Kelio stotys. Kristaus, Visatos Karaliaus (Pantokratorius – tas, „kurio galioje yra visa“), ikona vaizduoja soste sėdintį Kristų, Jam po kojomis – Visata.

2001 m. lapkričio 25 dieną įvyko bažnyčios koncekracijos iškilmės. Koncekracijos apeigas vedė Telšių vyskupas Antanas Vaičius. Ilgus metus Kristaus Karaliaus bažnyčiai vadovavo kunigas Bernardas Talaišis.

2009 m. papuošta Švč. Mergelės Marijos ikona, nutapyta ikonografės Angelės Joknytės.

2013 m. bažnyčioje įstatyti nauji vitražai (restauratorius vitražistas Dagis Bumbulis ir Dalia Mulevičienė).

2014–2015 m. pagal Henriko Ratauto projektą atnaujintas bažnyčios interjeras. Šiandien bažnyčią puošia naujas altorius, krikštykla, naujos klausyklos ir suolai.

2017 m. lapkričio 26 d. Telšių vyskupijos vyskupas Kęstutis Kėvalas pašventino naująsias bažnyčios duris. Taip paminėtos Žemaičių vyskupijos įsteigimo 600-osios metinės ir Lietuvos Nepriklausomybės atkūrimo 100-metis. Duris kūrė du autoriai: Kęstutis Krasauskas (bronzinė dalis) ir Henrikas Ratautas (medinė dalis).