Pirmąją medinę bažnyčią Daukšiuose 1774 metais pastatė kunigaikštis Sapiega. Maždaug tuo metu Daukšių parapijai priklausė Daukšių, Varnupių, Geležinių, Kumečių, Plynių, Padovinio, Kūlokų, Putriškių, Dzingių, Amalviškių kaimai. 1803 metais senoji Daukšių bažnyčia sudegė: žuvo visas bažnyčios turtas. 1864 metais parapijiečiai gavo valstybės pašalpą ir pastatė dabartinę Šv. Jurgio bažnyčią 1905 metais klebonas Kazys Mačiukevičius pastatė mūrinę kleboniją. Bažnyčia atstatyta pokario metais.