Bažnyčiai Jurgis Daujotas 1791 m. dovanojo 10 tūkstančius auksinų ir 2 margus žemės. Buvo paskirtas kunigas, Ši koplyčia tapo Šiaulėnų parapijos filija. Bažnyčiai 1820 m. buvo pakeisti sienojai. Giminei įamžinti statytojas bažnyčią pavadino savo dvaro – Daujotavos vardu. Po 1924 m. oficialiai įteisintas jos dabartinis pavadinimas.

1930 m. įsteigta parapija. Pirmojo Polekėlės klebono Oželio (čia klebonavusio 35 m.) iniciatyva bažnyčia suremontuota, apdengta skarda. 1939 m. kovo 2 d. ji sudegė, liko tik medinė varpinė. Pradėta statyti mūrinė bažnyčia iki karo taip ir nebuvo užbaigta. Ji parapijiečių dėka pastatyta tik 1977 m.

Dabartinė bažnyčia pastatyta kunigo Jono Babono.