Aukštadvaryje (1 km į šiaurę nuo Ančiškio) 1744 m. minima koplyčia. Dvarininkai Adomas ir Teresė Kasakovskiai 1783–1786 m. pastatė medinę bažnyčią. 1790 m. dovanojo 2 valakus žemes ir 2000 auksinų. Klebonas Juozapas Pikturna paskyrė bažnyčiai 10 000 auksinų. 1791 m. įkurta parapija. Bažnyčia buvo maža, be lubų, turėjo 2 altorius. 1810 m. sudegė. Pagirių klebonas kanauninkas Pranciškus Kasakovskis 1812 m. toje pačioje vietoje pastatė naują eglinių rastų bažnyčią. Ji irgi buvo be lubų, dengta šiaudais. Sudegė 1828 m. Pamaldos laikytos laikinoje lentinėje stoginėje. 1846 m. iš Ramygalos parapijos Joskildų kaimo atvežta koplyčia ir pastatyta Ančiškyje. Kunigo Igno Vitkaus rūpesčiu 1893 m. įdėtos skliautinės lubos, grindys, pakeista dalis rąstų, stogas apdengtas skarda. Bažnyčia 1935 m. išdažyta. Parapijai 1936 m. priklausė 61,2 ha žemės. 1938 m. dar pirkta 10 ha miško.

Bažnyčia klasicistinė, stačiakampio (28x14 m) plano, su atviru portiku ir kolonomis bei bokšteliu ant kraigo. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Jame stovi medinė varpinė.