Mūrinę bažnyčią 1623 m. pastatė dvarininkas Henrikas Padlevskis. Po 1782 m. pristatytas priebažnytis. 1884 m. Lyduokių dvaro savininko, karo inžinieriaus Henriko Voinickio ir parapijos lėšomis bažnyčia buvo padidinta. 1914 m. – perdažytas, o 1988 m. dekoruotas bažnyčios vidus. Bažnyčioje yra 4 dailės paminklai, įrašyti į kultūros vertybių registrą. Du iš jų yra molbertinės tapybos ir du – taikomosios dailės kūriniai. Vienas reikšmingiausių – molbertinės tapybos XVIII a. nežinomo dailininko paveikslas „Puota Emause“ (drobė, aliejus; 205,0 x 201,5 cm), XVIII a. antrosios pusės paveikslas „Marijos ėmimas į dangų“ (drobė, aliejus). Taikomosios dailės kūriniai: XIX a. pirmos pusės arnotas (šilkas, medvilnė, metalo siūlai; 106 x 62 cm) bei XVIII–XIX a. dalmatika (šilkas, medvilnė, metalo siūlai, siuvinėjimas; 108 x 106 cm).

Bažnyčioje be įvairių dailės kūrinių yra ir įdomi relikvija – Dievo kančios simboliai (erškėčių vainikas, rykštė, nendrės, vinys), kuriuos 1893 m. pėsčiomis iš Jeruzalės parnešė Slabados kaimo gyventojas Antanas Juras.

1999 m. bažnyčioje atidengtas ir pašventintas bareljefas šios parapijos klebonu dirbusiam Jonui Burneikai (1901–1956).
2000 m. bažnyčios šventoriuje pastatytas ąžuolinis kryžius (tautodailininkas Remigijus Rudokas) jubiliejiniams 2000-iesiems metams.