Pirmosios žinios apie bažnyčią datuojamos 1532 m., kada Lenkijos ir Lietuvos valdovas Žygimantas Senasis įsakė Utenos ir Užpalių klebonui Jurgiui Chvalševskiui duoti iš Užpalių ir Penionių dvarų dešimtinę vaško ir avižų, kaip ir anksčiau buvę duodama. Iš įsakymo aišku, jog Utenos ir Užpalių klebonas pasiskundė valdovui, kad šie dvarai nustoję tą duoklę mokėti. Vadinasi, anksčiau Užpalių ir Penionių dv. tą duoklę mokėjo. Iš to galima daryti išvadą, kad bažnyčia Užpaliuose buvo pastatyta anksčiau nei 1532 m. Pasak Antano Naviko, po 1433 m., kai buvo sudeginta pilis. Tuomet Utenos ir Užpalių klebonas buvo vienas. 1574 m. karalius Steponas Batoras kunigą Legavičių oficialiai patvirtino Utenos par-jos filijalistu. 1584 m. įvykdžius Užpalių apl. Valakų reformą, nemaža dalis valstiečių buvo priversti persikelti prie dvaro ir bažnyčios besikuriantį miestelį. Prasidėjus Lietuvoje reformacijos judėjimui, 1611 m. Užpalių bažnyčia perėjo į reformatų rankas, tačiau vėliau vėl grįžo katalikams.
Iki 1725 m. Utenos ir Užpalių bažnyčios turėjo bendrą kleboną, o pačią bažnyčią aptarnavo Užpalių kapelionas, bet 1725 m. Užpalių bažnyčia atsiskyrė ir įgavo teisę turėti kleboną – kuratą. Pirmuoju Užpalių bažnyčios kuratu 1725–1734 buvo kun. Dominykas Šadzevičius. 1744 m. vysk. Zenkevičiaus sinodas suteikė Užpalių bažnyčiai par-jos teises. Iki 1849 m. Užpalių par-ja priklausė Vilniaus vyskupijos Kupiškio dekanatui, 1849–1926 m. – Žemaičių vyskupijos Utenos dekanatui. Apie 1750 m. Užpalių klebonas kun. Petras Stanevičius nugriovė jau pasenusią bažnyčią ir vietoj jos pastatė naują medinę bažnyčią. P, Stanevičius bažnyčiai įgijo Krimblių (Armališkių) palivarką. Jo įpėdinis kun. Michaelis Korgautas medinę bažnyčią apmušė lentomis. 1781 m. bažnyčiai priklausė 4003 parapijiečiai. Iš tų pačių metų sąrašo matyti, kad prie bažnyčios veikė parapijinė m-kla, kurioje mokėsi 27 mokiniai. 1783 m. užsidegė užpalėno Namiko namai. Ugnis persimetė į miestelį. Sudegė ir bažnyčia. Kiti šaltiniai teigia, kad bažnyčia sudegė 1784 m. Klebono Adomo Juozapo Legovičiaus 1787 m.vėl atstatyta medinė bažnyčia. 1884–1892 m. kunigas Kazimieras Kozminskis su parapijiečiais pastatė naują mūrinę gotikinio stiliaus bažnyčią, kurią 1898 06 04 konsekravo Gasparas Felicijonas Cirtautas. Kun. Kazimieras Kozminskis pastatė naują špitolę, kleboniją, liaudies namus. Mūrinės bažnyčios statyba iš klebono ir parapijiečių pareikalavo daug lėšų ir darbo, todėl buvo sukurta daina:

,,Kitos parapijos tarp savęs kalbėjo:
Iš kur užpalėnai tiek skatiko sudėjo?
Du šimtai tūkstančių – tai yra daugybė
Ir neišpasakyta bažnyčios brangybė.“

Bažnyčioje buvo įrengti 5 altoriai: Šv. Trejybės (didysis), Šv. Jėzaus Širdies, Šv. Mergelės Marijos, Šv. Juozapo ir Šv. Antano. Bažnyčioje buvo sumontuoti 16 balsų vargonai su pedalais. 1925 m. dekano kun. Jono Jarašiūno rūpesčiu ir parapijiečių lėšomis buvo išdekoruotas bažnyčios vidus. Kai kuriuos bažnyčios vidaus įrengimo darbus atliko meistras F. Vaškelis. Dekoruota garsaus dailininko P. Zizausko.

Bažnyčia – eklektinės architektūros su gotiškomis ir romantiškomis žymėmis pastatas, raudonų plytų mūro, pailgo stačiakampio formos su dviemis fasadiniais bokštais. Centrinė fasado dalis trikampiu frontonu patraukta priekin, kaip rizalitas. Bokštai keturių nelygaus aukščio tarpsnių ir plačiais karnizais. Portalas turi pusapvalią arką ir trikampį sandriką. Interjeras padalintas į tris išilgines navas.

Kairėje bažnyčios pusėje stovi klasikinio stiliaus mūrinė varpinė – architektūros paminklas ir gali būti, kad ji statyta anksčiau nei pati bažnyčia. Varpinės apatinis tarpsnis yra akmenų mūro su tinkuotu karnizu. Antrasis tarpsnis yra šiek tiek siauresnis, tinkuotas, turi dideles arkines angas su poriniais piliastrais. Stogas lėkštos, įgaubtos formos. Viršuje puošnus geležinis kryžius. Šventorius aptvertas permatomų pinučių su mūriniais stulpeliais tvora. Ne vienas Užpalių klebonas stojo į kovą prieš priespaudą, prieš rusinimą, už katalikų teises. Po 1863 m. sukilimo, 1863–1865 m. Užpalių vikaras Pranas Kripavičius buvo laikomas griežtoj policijos priežiūroj, Užpalių klebonas Jonas Pocevičius dėl kurstančių pamokslų prieš caro valdžią 1863 m. buvo suimtas, įkalintas Daugpilio tvirtovėje, vėliau ištremtas į Sibirą. Rusų valdžia reikalavo, kad vysk. Valančius jį nubaustų, bet jis atsisakė. Už nepaklusnumą 1865–66 m. buvo teistas ir kalėjimu baustas Užpalių klebonas Pranciškus Staškovskis, 1902 m. baustas Užpalių vikaras Antanas Tyrulis. Dėl to, kad už parapijiečių aukas be valdžios leidimo klebonas Kazimieras Kosminskis pastatė parapijos namus, caro valdininkų irgi buvo nubaustas.

1935 m. padarytos keturios naujos klausyklos. 1958 m. kalvis Petras Sniečkus nukalė naujus metalinius vartus šventoriui ir koplyčiai. 1924 m. bažnyčia apkalta skarda. 1935 m. padarytos keturios klausyklos. Bažnyčios turtas nedidelis. Tai medinė 1883 m. statyta klebonija, špitolė bažnyčios tarnams, tvartas, arklidė, diendaržis, svirnas, klojimas, daržinė, pirtis, 1933 m. statyta prieglauda beturčiams. 1938 m. statyti parapijos namai su sale. Turėjo šiek tiek žemės daržams ir sodui. 1939 m. žaibas apgadino bažnyčios bokštą. 1958 m. K. Laurinavičius įrengė žaibolaidžius. 1944 m. karo metu apgadinti ir sunaikinti parapijos pastatai: beturčių prieglauda, špitolė, klebonija. Sugadintas bažnyčios stogas, išbyrėjo langai, Be to, buvo pavogta 7 arnotai, 8 stulos, 9 albos, 15 kamžų, 30 kg žvakių, indeliai ir kt. 1972–92 m. dirbęs klebonu Juozapas Šumskis išpuošė bažnyčią, pastatė naują kleboniją, pagamino naujus suolus (meistras Macijevskis). 1920 m. veikė bažnyčios choras, 1928 m. dalyvavęs respublikinėje dainų šventėje Kaune. Vargonininkais dirbo Feliksas Balčiūnas, Daunoras, Gaučys, Leonas Tursa, Pranciškus Jurgelėnas, Jonas Šuminas ir kt. 1922,1927, 1932, 1937, 1943, 1994 m. bažnyčią lankė vyskupai.

Kadangi yra žinomi beveik visi bažnyčios klebonai, juos išvardinsiu.
Utenos ir Užpalių klebonai:
Gregorijus (Jurgis) Chnalčevskis 1532 m.
Andrejus Tomaševičius – 1584 m.
Stanislovas Kotovičius – 1678–1686 m.
Michaelis Puzyna de Kozelok 1686–1725 m.
Dominykas Sadzevičius – 1725–1754 m.
Užpalių parapijos klebonai:
Užpalių parapijos klebonai:
Nikolajus Slabodžinskis 1734–1754 m.
Petras Staševičius –1754–1764 m.
Michaelis Korgautas 1764–1775 m.
Adomas Juozapas Legovičius – 1776–1804 m.
Juozapas Baueris – 1805–1828 m.
Kazimieras Dopševičius – 1828–1844 m.
Silvestras Grubinskis – 1845–1853 m.
Jokūbas Pievakas – 1853–1856 m.
Aleksandras Jakovičius – 1857–1860 m.
Jonas Pacevičius 1860–1864 m.

Pranciškus Stašikovskis 1864–1868 m.
Pranciškus Jestremskis – 1868–1869 m.
Petras Vaitkevičius – 1869–1973 m.
Kazimieras Kosminskis 1873–1914 m.
Jonas Jarašiūnas 1914–1928 m.
Antanas Paurys 1929–1949 m.
Antanas Kairys – 1949–1953 m.
Bronius Novelskis – 1953 – 1957 m.
Mykolas Mikeliūnas 1957–1870 m.
Titas Vinkšnelis – 1970–1972 m.
Juozapas Šumskis 1972–1992 m.
Edmundas Rinkevičius nuo 1992 m.

Gediminas Isokas prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /

Gintautas Surgailis