Kauno palaimintojo Jurgio Matulaičio parapija įkurta Kauno arkivyskupo Sigito Tamkevičiaus Dekretu 1996 m. spalio 10 dieną.

Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo seserys laikinai leido parapijos tikslams naudoti savo kongregacijos koplyčią Žeimenos g. 6.

Pirmuoju laikinuoju naujai įkurtos parapijos klebonu 1996 m. spalio 10 d. arkivyskupo dekretu buvo paskirtas mons. Kazimieras Senkus.

2003 m. birželio 20 dienos arkivyskupo dekretu parapijos klebonu paskirtas      kun. Virginijus Pabrinkis.

2013 m. rugsėjo 9 dienos arkivyskupo dekretu parapijos klebonu paskirtas kun. soc. ped. mgr. Dainius Lukonaitis.

Jurgis Matulaitis gimė Marijampolės apskrityje, Lūginės kaime, 1871 m. balandžio 13 d. Būdamas trejų metų neteko tėvo, o po kelerių metų ir motinos. Nuo 15 metų susirgo kaulų džiova ir ją kentė iki savo gyvenimo pabaigos. Mokėsi Marijampolės gimnazijoje, Kielcų ir Varšuvos kunigų seminarijose, Petrapilio Dvasinėje Akademijoje, kurioje buvo įšventintas kunigu 1898 m., ir Fribūro universitete. Gerai susipažinęs su socialiniais klausimais, organizavo darbininkus Varšuvoje, steigė vaikų prieglaudas, padėjo vargšams, neatsižvelgdamas į tautybės ir religijos skirtumus, dėstė sociologiją Petrapilyje. 1909 m. slapta įstojo į caro valdžios pasmerktą sunaikinti Marijonų vienuoliją, priderino jos įstatus prie naujų laiko reikalavimų taip, kad vienuolija galėtų augti, vystytis net ir slaptai. Įsteigė dvi moterų vienuolijas: Nekaltai Pradėtosios Švč. Mergelės Marijos, Vargdienių ir Eucharistijos Jėzaus Tarnaičių.

1918 m. paskirtas Vilniaus vyskupu, daug iškentėjo dėl Vilniaus gyventojų tautinių ir politinių ginčų. 1925 m. atsisakęs Vilniaus vyskupo pareigų, pop. Pijaus XI buvo pakeltas arkivyskupu ir paskirtas Apaštaliniu Vizitatoriumi Lietuvai. Nemažai prisidėjo gerinant Lietuvos santykius su Šv. Sostu, daug nuveikė steigiant bažnytinę Lietuvos provinciją ir parengiant konkordatą. Mirė Kaune 1927 m. sausio 27 d. Pop. Pijus XI ne kartą palaimintąjį Jurgį yra pavadinęs „Dievo vyru, tikrai šventu žmogumi“. 1953 m. pradėta beatifikacijos byla; 1987 m. birželio 28 d. paskelbtas palaimintuoju