Kalvinams įsigalėjus Jiezne, pirmieji katalikų maldos namai neapibrėžtą laiką buvo Musninkų k. (3 km nuo Jiezno). 1633 m. Lietuvos vicekancleris Steponas Pacas kalvinų maldos namus pavertė katalikų bažnyčia, suteikdamas jai Šv. Mykolo arkangelo vardą.

Nutarta statyti naują bažnyčią. Pamatai išlieti jau 1655 m., tačiau dėl rusų kazokų okupacijos statybos darbai nutraukti. Bažnyčia užbaigta tik po 1670 m. ir Žemaičių vyskupo Kazimiero Paco pašventinta.

1771 - 1772 m. Antano Paco ir jo žmonos Teresės Radvilaitės iniciatyva bažnyčia iš pagrindų rekonstruota ir padidinta:
išmurinti du kresni barokiniai bokštai;
bažnyčia paaukštinta;
pristatyta dabartinė presbiterija su šalia prigludusiomis dviem identiškomis zakristijomis ir tribūnomis virš jų;
pastatytas naujas vargonų choras;
bažnyčios vidus dekoruotas freskomis;
įrengta 12 altorių;
iškastas rūsys ir įrengta nemažo ploto kripta – Pacų mauzoliejus.

1772 m. rugsėjo 29 d. Vilniaus vyskupas Tomas Zenkovičius ją pašventino, papildomai suteikė Šv. Jono Krikštytojo vardą.

Padidintoji bažnyčia yra 41 m. ilgio ir 18 m. pločio. Žiūrint į ją iš lauko pusės, ji imponuoja savo stambiais, aukštais bokštais. Susidaro įspūdis, tarsi bažnyčią sudaro trys navos, nors tikrumoje ji yra vienanavė. Bokštai sudaryti iš keturių skirtingo aukščio ir formos tarpsnių; trys iš jų įgaubti, o ketvirtasis cilindrinis. Bokštus ir frontoną supa puošnūs platūs karnyzai. Tarp bokštų įterptas puošnus ažūrinis kaltų grotelių balkonas.

Bažnyčios lubose yra 6 dideli paveikslai: Šv. Dvasios, Šv. Kristupo, Šv. Marijos Magdalietės de Pazzi ir Karaliaus Dovydo su Šv. Cecilija. Virš langų nišų freskine tapyba pavaizduoti apaštalai. Manoma, kad freskas tapė nežinomas italų dailininkas - monumentalistas.

Centriniame altoriuje didelio formato, auksuotais rėmais Šv. Arkangelo Mykolo paveikslo kopiją, kurią 1897 m. pagal italų dailininko Guido Reni nutapė N. Silvanavičius. Labai vykusiai ir reljefiškai nutapyti šoniniai altoriai. Dešiniajame altoriuje yra kedro medžio kryžius su relikvijomis. Tai popiežiaus Klemenso VIII dovana. Dešiniau – Šv. Roko altorius. Arčiau didžiųjų durų, yra meniškai vertingas Šv. Morkaus paveikslas, tapytas to paties N. Silvanavičiaus. Presbiterijos kairėje pusėje – Švč. M. Marijos altorius. Šio altoriaus kairėje -Šv. Antano, o prie didžiųjų durų – Šv. Jono Krikštytojo.

Sakykla laikoma viena gražiausių Lietuvoje.

Vargonai. Prospektas rokokinis, pastatytas apie 1770 m. (dabartinis vargonų instrumentas 1901 m. buvo įrengtas naujas).
Tokio stiliaus kripta, kokia įrengta Jiezno bažnyčioje, yra vienintelis pavyzdys Lietuvoje. Į ją patenkama iš navos, dvejais simetriniais laiptais. Kriptoje yra altorius, už jo – nuplakto ir erškėčiais vainikuoto Išganytojo figūra, apdengta raudona skraiste. Abejuose altoriaus šonuose – nišos, kuriose stovėjo Antano Paco ir Teresės Radvilaitės bei jų keturių vaikų karstai. Koplyčios grindų marmuro plokštėje yra įrašas, kuris skelbia, jog čia palaidota vienuolė Pacaitė (šiuo metu kriptoje didikų palaikų nėra).

Apie Jiezno bažnyčios vargonus:
http://www.vargonai.lt/jieznas.htm