Cerkvė Užpaliuose pastatyta rusų kolonistams, kurie buvo apgyvendinti vietoje ištremtų 1863 m. sukilimo dalyvių. Vilniaus generalgubernatorius N. Muravjovas skyrė lėšas statyboms. I pasaulinio karo metu pastatas nukentėjo, pamaldos nutrauktos, 1920 m. atnaujintos. 1937 m. buvo 475 parapijiečiai. 1944 m. pastatas apgriautas. 1945 m. liko apie 200 parapijiečių, pati parapija įregistruota 1947 metais. Nors 1948 m. vasarą Utenos vykdomojo komiteto nutarimu parapija panaikinta, o cerkvė paversta žirnių sandėliu, tačiau gruodžio mėnesį vėl cerkvė grąžinta tikintiesiems.