Pirmoji bažnyčia Šaukėnuose buvo pastatyta 1497 m. XVI a. pab.-XVII a. pradžioje ji buvo patekusi į protestantų rankas. Bažnyčios pastatas keturis kartus buvo perstatytas. Ilgiausiai, iki 1944 m. stovėjusi bažnyčia buvo pastatyta 1763 m. Kryžminio plano bažnyčia buvo pastatyta iš pušinių rąstų, rėmėsi į žemą akmenų mūro pamatą. Jos architektūra buvo liaudiška, labai darnių proporcijų, siluetui būdingas aukštas malksnomis dengtas valminis stogas su barokiniais bokšteliais. Bažnyčios interjeras pasižymėjo puošnumu. Joje buvo septyni architektūriniai ir vienas iliuziškai tapytas altorius. Visi dviejų tarpsnių, dažyti ir auksuoti altoriai buvo pagaminti profesionalių stalių ir drožėjų dirbtuvėse. Ši bažnyčia buvo prižiūrima ir nuolatos remontuojama. Didelėje špitolėje, stovėjusioje prie bažnyčios vartų nuolatos glaudėsi apie 10 vargšų. Bažnyčiai sudegus, 1989 m. kun. Boleslovo Janausko ir parapijiečių pastangomis, apeinant daugelį sovietinės valdžios draudimų, pagal architektės B. Kugevičienės projektą pastatyta dabartinė bažnyčia. Tai nedidelis darnių proporcijų mūrinis tinkuotas pastatas su dominuojančiu kvadratiniu bokštu pagrindiniame fasade. Bažnyčios interjeras, kaip ir eksterjeras, labai kompaktiškas ir lakoniškas. Nemažai meno dirbinių į ją buvo perkelti iš buvusios Beržėnų dvaro laidojimo koplyčios.