Pirmoji bažnyčia stovėjo buvusioje lietuvių šventyklos vietoje. 1469 m. Kazimieras Jogailaitis, pasikvietęs vienuolius pranciškonus, davė jiems žemės vienuolynui ir bažnyčiai statyti. Pastatai buvo mediniai, tad per gaisrą sudegė.

Mūrinė bažnyčia buvo pastatyta prie Šv. Onos bažnyčios. 1500 m., bebaigiant statybą, dėl silpnų pamatų dalis sienų ir lubų sugriuvo. 1512-1513 m. buvo naujai pastatytas vienuolynas ir bažnyčia. XVI a. antrojoje pusėje bažnyčia buvo gerokai padidinta. 1594 m. ji buvo pašventinta. 1655 m. rusai, užėmę miestą, apiplėšė vienuolyną, bažnyčią, žudė vienuolius, miesto gyventojus, besislepiančius vienuolyne ir viską sudegino. 1677 m. bažnyčia buvo atstatyta, tačiau 1794 m. rusai vėl ją apšaudė.

Nors daug kartų perstatyta, bažnyčia išsaugojo viduramžių statybos žymes. Bažnyčioje buvo 14 XVIII rokoko stiliaus altorių. Iš 1710 m yra išlikęs tik didysis altorius. Už altoriaus - vieta vienuolių chorui su išpuoštomis kėdėmis. Kairėje - altorius su Dievo Motinos paveikslu, kuri 1598 m. iš Romos atsiuntė popiežius Klemensas VIII. Bažnyčioje yra dvi koplyčios: Šv. Mykolo koplyčia, pastatyta 1600 m. ir Trijų Karalių - pastatyta 1632 m.

Bažnyčioje yra keletas paminklų: Petro Veselovskio ir jo vaikaičių, pastatytas 1634 m. ir Vladislavo Tiškevičiaus, paminklinis karstas Simonui Kireliui, nužudytam 1592 m., LDK maršalo Stanislovo Radvilos, mirusio 1599 m. pakeliui i Romą. Yra ir mažesnių paminklų. Verta dėmesio 1690 m. sakykla. 1864 m. rusai uždarė vienuolyną ir pavertė jį kareivinėmis. Užstatė antrą aukštą, vienuolynas prarado senovinę išvaizdą.

Bažnyčios dešinėje stovi varpinė. Tai 1874 m. pastatytas gotikines formas imituojantis statinys. Iš varpinės eina dvi eilės pertvertų siena laiptų į 1617 m. statytą koplyčią. Kairėje - marmuriniai su relikvijom pakopose, dešinėje - paprasti laiptai. Juos įtaisė 1746 m. Jonas ir Marijona Milkevičiai, kurie po šia koplyčia ir palaidoti. 1812 m. prancūzai koplyčią sunaikino, bet 1920 m. ji vėl atstatyta. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia uždaryta ir paversta sandėliu. Ja naudojosi Dailės institutas. Dabar vyksta restauravimo darbai. 1992 m. bažnyčia grąžinta vienuoliams bernardinams, o 1994 m. pašventinta.

Vytautas Šiaudinis