Kościół św. Kazimierza i klasztor jezuitów założono w 1596 r. Budowę kościoła rozpoczęto w 1604 r., ale nie ukończono z powodu pożaru 1610 r. Ostatecznie kościół zbudowano w 1616 r. Jego architektem i kierownikiem robót budowlanych był Jan Frankiewicz. Kościół św. Kazimierza jest pierwszą barokową budowlą Wilna. Jego struktura architektoniczna powtarza plan pierwszego kościoła jezuitów w Rzymie: nawy podłużna i poprzeczne tworzą krzyż łaciński, a na ich skrzyżowaniu unosi się wysoka kopuła. Nawy boczne zostały przekształcone w osobne kaplice, nad którymi urządzono otwarte galerie. Fasada dwuwieżowego kościoła nosi wyraźne cechy tradycji kościołów litewskich. Pożar 1749 r. zniszczył wnętrze kościoła, zapadły się sklepienia kopuły. W latach 1750-1755 dokonano jego kapitalnej rekonstrukcji: odbudowano schodkową kopułę barokową, ze sztucznego marmuru wzniesiono trzynaście ołtarzy z licznymi figurami świętych, a także piękną ambonę. Styl pozostałych elementów tej rekonstrukcji niewątpliwie świadczy o tym, że kościół zrekonstruował architekt Glaubitz.

W toku rekonstrukcji zamurowano boczne galerie ścienne, a na ich miejscu namalowano sześć dużych obrazów, przedstawiających sceny z życia św. Kazimierza. Ich autorem jest jezuita Fryderyk Obst. Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 r. kościół przypadł księżom emerytom, a od 1799 r. stał się kościołem parafialnym. W 1812 r. Francuzi przekształcili go w magazyn zbożowy, powodując znaczne zniszczenia. W 1815 r. kościół przejęli misjonarze i pięknie go wyremontowali. W 1832 r. na rozkaz cara kościół przekształcono w sobór św. Mikołaja. W latach 1834-1837 podczas rekonstrukcji według projektu akademika Riazanowa zniesiono 10 barokowych ołtarzy ze sztucznego marmuru oraz wspaniałą ambonę Glaubitza. W 1867 r. architekt Czagin przysposobił kościół do potrzeb soboru: obniżył narożne wieże fasady, nakrył je cebulastymi kopułami, z kopuły centralnej usunął mitrę wielkoksiążęcą. Dobudował przedsionek z podobną kopułą i ozdobił fasadę. Zburzył chór muzyczny. Zniszczył znajdujący się wewnątrz ozdobny barokowy nagrobek hetmana polowego WKL Wincentego Gosiewskiego, poległego podczas buntu wojskowego w 1662 r. Ten wykonany z białego marmuru nagrobek przedstawiał leżącego rycerza. Przed rekonstrukcją w XIX w. kościół miał prosty okazały kształt, posiadał mocną tektoniczną kompozycję. Jego surowe i lakoniczne formy urozmaicił dobudowany w 1755 r. barokowy przedsionek.

W 1917 r. kościół zwrócono katolikom. W okresie okupacji niemieckiej odbywały się w nim nabożeństwa dla żołnierzy protestantów. W latach 1922-1925 odbudowano chór muzyczny, ale już w innej postaci. Odnowiono wnętrze kościoła i w miarę możliwości usunięto poczynione przez Rosjan zmiany. W okresie międzywojennym kościół wraz z klasztorem był własnością polskich jezuitów, a od 1940 r. należał do Litwinów. Przy kościele, w pomieszczeniu klasztornym mieściło się gimnazjum. Od 1942 r. działało pierwsze gimnazjum męskie (dawne Witolda Wielkiego), później przekształcone w Szkołę średnią im. A. Vienuolisa. Obecnie mieści się tu Gimnazjum Jezuitów.

W tym gimnazjum pracowali litewscy księża Paukštys, Garuckas, Blažys, Petronis oraz inni. W latach drugiej wojny światowej pocisk obalił wieżę centralną oraz środkową wieżycę fasady. W latach 1942-1944 centralną wieżę – koronę z krzyżem odbudowano według projektu architekta Jonasa Mulokasa, natomiast wieża fasady wraz z krzyżem nie została odbudowana. Kościół św. Kazimierza zamknięto w 1948 r., później urządzono tu muzeum ateizmu. Dopiero 1 marca 1991 r. świątynię odrestaurowano i ponownie konsekrowano jako kościół młodzieży katolickiej i studentów. Pierwszym proboszczem mianowany został ks. J. Boruta.

Vytautas Šiaudinis