Jest to najstarszy kościół wileński, założony jeszcze za czasów Giedymina dla zaproszonych do Litwy rzemieślników i kupców związku miast handlowych Hanza. Wybudowany został w latach 1382-1387. Jego fundatorem był namiestnik WKL w Wilnie J.Jaunis (Janulis). Potwierdzeniem tego okresu budowy jest archaiczny wczesnogotycki styl kościoła. Wzmianki o kościele znalazły się już w dokumentach z lat 1387-1397. Kościół kilkakrotnie był rekonstruowany i odnawiany. Zachował się akt konsekracji z 1514 r. Około roku 1525 wymurowano nowe sklepienie siatkowe. Po pożodze 1749 r. około 1750 r. i w okresie późniejszym dokonano wielu przeróbek: dobudowano rokokowy chór muzyczny, powiększono boczne okna. W 1812 r. Francuzi splądrowali kościół. Z czasem dobudowano wieżę, świątynię otoczono murem. Kościół zbudowano z czerwonej cegły w stylu bałtyckiego gotyku. Ma on trzy nawy i trzy ołtarze. Na ołtarzu wielkim umieszczono krzyż, a między kolumnami - cztery figury dłuta Rapolasa Jakimavičiusa: św. Krzysztofa, św. Teresy, św. Klary i św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus. Na ołtarzu lewym – obraz św. Mikołaja. Między kolumnami – figury św. Kazimierza i św. Jerzego. Na ołtarzu prawym – płaskorzeźba z wizerunkiem Matki Boskiej Bolesnej. W 1930 r. staraniem wileńskich Litwinów w kościele wzniesiono pomnik dla uczczenia 500 rocznicy śmierci Witolda Wielkiego. Rzeźbiarz Rapolas Jakimavičius wykuł go z miedzi i marmuru. W 1936 r. pomnik otoczono ogrodzeniem z dwoma sztyletami na wzór wykutych i przysłanych przed Bitwą pod Grunwaldem. Po wojnie odsłonięto tablicę pamiątkową proboszcza Krištapasa Čibirasa, który pracował tu od 1924 r. do 23 marca 1942 r., gdy zginął od bomby podczas bombardowania Wilna. Po prawej strony środkowej nawy widzimy figurę św. Antoniego.

Nabożeństwa litewskie zaczęto tu odprawiać od 1901 r. i od tego czasu trwały nieustannie. W tym okresie pracowali tu: ks. Juozas Kutka (1901-1906), ks. Dr Antanas Viskantas (1906-1909), ks. Jurgis Janusevičius (1909-1911), ks. Petras Kraujelis (1911-1912), ks. Vladislovas Jezukevičius (1912-1924), ks. Krištapas Čibiras (1924-1942). Razem z nim od 1936 r. byli też księża V.Taškūnas, Edmundas Basys i Kazimieras Pukėnas. W okresie międzywojennym był to jedyny kościół w Wilnie, w którym modlono się i wygłaszano kazania w języku litewskim. Obok kościoła działało ognisko litewskiej kultury. Na dziedzińcu kościelnym była sala, w której się odbywały organizowane przez Litwinów zebrania, odczyty, przedstawienia, choinki dla dzieci. Poza tym w tym domu mieszkali proboszcz K. Čibiras, księża V. Taškunas i E. Balsys, a także kierownik jedynej w Wilnie szkoły litewskiej B. Suduikis, który jednocześnie był organistą tego kościoła. Organistą był również J. Sinius, który powrócił z zesłania na Syberię. Mieściła się tu redakcja czasopisma „Vilniaus aušra”. Po śmierci ks. K. Čibirasa, pracowali tu księża Valiukėnas, Pavilionis, Saulius, Poškus, Kurauskas, Rirtkauskas, Blažys, Kovarskis, Kučinskas, Krivaitis,Valeikis, Kindurys, późniejszy biskup Tunaitis i ks. Paulionis. W latach 1997-2001 pracował tu również monsignore Kazimieras Vasiliauskas. W 1972 r. kościół restaurowano według projektu architekta J. Zibolisa.

Vytautas Šiaudinis