Pierwszy kościół stał w miejscu dawnej świątyni litewskiej. W 1469 r. Kazimierz Jagiellończyk zaprosił franciszkanów i dał im ziemię pod budowę klasztoru i kościoła. Budynki były drewniane, toteż pożar strawił wszystko. Murowana świątynia została wzniesiona obok kościoła św. Anny. W 1500 r. pod koniec budowy z powodu słabego fundamentu runęło część ścian i sufit. W latach 1512-1513 prawie od podstaw odbudowano klasztor i kościół. W drugiej połowie XVI w. kościół został znacznie powiększony. Konsekracja odbyła się w 1594 r. W 1655 r. Rosjanie, po zajęciu miasta, splądrowali klasztor, kościół, wymordowali zakonników oraz innych ludzi, którzy znaleźli tu schronienie. Potem podpalili. W 1677 r. kościół został odbudowany, ale w 1794 r. Rosjanie ponownie go ostrzelali.

Mimo licznych przeróbek kościół zachował cechy budownictwa średniowiecznego. Miał on 14 ołtarzy w stylu rokokowym z wieku XVIII. Zachował się ołtarz wielki z 1710 r. Za ołtarzem jest miejsce na chór zakonny z ozdobnymi krzesłami. Po lewej stronie – ołtarz z obrazem Matki Boskiej, przysłanym w 1598 r. z Rzymu przez papieża Klemensa VIII. Kościół ma dwie kaplice. To kaplica św. Michała z 1600 r oraz Trzech Króli z roku 1632.

Są też nagrobki: Piotra Wiesiołowskiego, ufundowany przez jego wnuków w 1634 r., Władysława Tyszkiewicza, Szymona Kierelisa, który został zamordowany w 1592 r., marszałka WKL Stanisława Radziwiłła, zmarłego w 1599 r. podczas podróży do Rzymu. Są też mniejsze nagrobki. Godna uwagi jest ambona z 1690 r. W 1864 r. Rosjanie zamknęli klasztor i urządzili w nim koszary. Zabudowali piętro i klasztor utracił dawny wizerunek.

Po prawej stronie kościoła stoi dzwonnica. Jest to budynek pseudogotycki, wzniesiony w 1874 r. Z dzwonnicy dwa rzędy przegrodzonych ścianą schodów prowadzą do kaplicy, zbudowanej w 1617 r. Po stronie lewej są schody marmurowe z relikwiami na stopniach, po prawej – zwyczajne. Ich fundatorami byli Jan i Marianna Milkiewiczowie, którzy też zostali pogrzebani pod tą kaplicą. W 1812 r. Francuzi zniszczyli kaplicę, ale w 1920 została ona odbudowana. Po drugiej wojnie światowej kościół zamknięto i urządzono w nim magazyn. Korzystał z niego Instytut Sztuk Pięknych. Obecnie trwa tu renowacja. W 1992 r. kościół został zwrócony bernardynom. A w 1994 był wyświęcony.

Vytautas Šiaudinis