Muziejus A. ir B. Milašių sodyboje įkurtas 1969 m. tuometinio Kretingos muziejaus

direktoriaus Juozo Mickevičiaus, Kretingos kraštotyrininko Igno Jablonskio ir iš šio krašto kilusio akademiko Adolfo Jucio iniciatyva.

Iki 1990 m. muziejus priklausė Kretingos muziejui, buvo jo filialas.

Nuo 1990 m. muziejus tapo pavaldus Kūlupėnų seniūnijai, kurios teritorijoje jis ir veikia.

1996 m. muziejus įregistruotas Kretingos r. savivaldybėje (steigėjas – rajono savivaldybė). Pilnas muziejaus pavadinimas – Vyskupo Motiejaus Valančiaus gimtinės muziejus

Muziejaus direktorius Algis Čėsna.

1999 11 04 muziejus įregistruotas Lietuvos Respublikos kultūros ministerijoje įsakymu Nr-473.
Muziejaus kodas 188206780.
M. Valančiaus muziejaus ekspozicijoje pateikta medžiaga pasakoja apie vyskupo gyvenimą ir įvairiapusę veiklą, jo darbus 1850–1875 m. Ekspozicijoje rodomos M. Valančiaus knygelės, čia yra ir jo asmeninių daiktų, skrynia, kurią M. Valančius padovanojo knygnešiui Pranciškui Straupui (Stropui) 1868 m.
Sodyboje esanti 1988 m. Kūlupėnų seniūnijos rūpesčiu restauruota M. Valančiaus XVIII a. klėtis – liaudies architektūros paminklas. Penkių kamarų klėtelėje įrengtos etnografinės ekspozicijos: šeimininkės svirnelis, mergos kamara, grūdinė, klėtelė.