Der Fürst Gedeminas holte 1323 die Franziskanermönche nach Litauen. Später, im Jahr 1634 holte der Adlige Goštautas weitere 14 Franziskanermönche ins Land und beherbergte sie in einem von ihm geschenkten Haus .Nach seiner Abreisewesenheit wurden die Mönche getötet und in den Fluß Vilnele geworfen. Später holte Goštautas wiederum Franziskanermönche nach Litauen und siedelte sie an einem neuen Ort an und baute an die vorherige Stelle eine kleine Kirche, die Kirche des Heiligen Kreuzes. Die Kirche brannte schon 1524. Im Jahr 1635 kamen die Bonifraten-Priester und bauten die Bonifratenkirche und ein Kloster. Sie richteten dort ein Krankenhaus und ein Obdach für geistig Kranke ein.

Später wurde die kleine Kirche von Goštautas dem Kloster angeschlossen. 1737 brannte die Kirche nieder und das Innere der Kirche wurde 1748 rekonstruiert. Es wurden sechs Altäre und Kanzeln im späten Barockstil errichtet, auf die gleiche Weise wurden die Fassade der Kirche und das Kloster umgestaltet. 1843 wurde die Einrichtung der Bonifraten geschlossen, sie behielten nur ihre Kirche. Im Innern der Kirche befand sich ein Brunnen, wo sich einer Legende nach an der Statue der unbefleckten Empfängnis der Jungfrau Maria eine Quelle von sich aus öffnete. Das Wasser hatte heilende Wirkung. Hoch über dem Altar befindet sich das wundertätige Kreuz. Tiefer hängt das Gemälde der Heiligen Jungfrau Maria mit dem Kind Jesu, bedeckt mit silberner Kleidung. Die Herkunft des Bildes ist unbekannt. Man vermutet, daß das Bild im XVII. Jahrhundert gemalt wurde. Von 1914 bis 1924 wurden hier Messen für litauische Schüler gehalten. Hier beteten die Schüler mit den Lehrern A.Stulginskis, A.Smetona, Gylys, Grajauskas, M.Bagdonas und M.Bir ž iska. Während der Herschafft der Polen in Vilnius wurden hier litauischen Messen verboten. Sie waren nur in der Kirche des Heiligen Mikolojus (Nikolaus) noch erlaubt.

In der Sowjetzeit wurde die Kirche in einen Konzertsaal umgewandelt.

1992 wurde die Kirche dem Erzbischoftum zurück gegeben und die Kirche wurde restauriert. Es sind nur noch vier Altäre übriggeblieben. Neben der Kirche ist ein dem Erzbischoftum zugehörendes Mariakloster eingerichtet. Zur Zeit ist in der Kirche der Priester J. Minderis aus Brasilien tätig.

Vytautas Šiaudinis