Sinagoga stovi miesto centrinėje dalyje ant Kruojos upelio dešiniojo kranto. Pereinamųjų iš baroko į klasicizmą formų. Vasarinė sinagoga. Pokario metais įrengtas kino teatras, vėliau sandėlys. Pakruojo sinagogos tūris išliko nepakitęs, tačiau langai apkalti lentomis, o interjeras sunaikintas.

Sinagoga yra vadinamojo “šulės” tipo: be krosnies, be “mezuzų ant staktų, įeinant į vidų laipteliais nusileidžiama žemyn, nėra lubų.

Statyta 1801 m., remontuota 1885 m. (užrašas ant vidinių durų, vedančių į “štibl”, rodo tuos metus: - 5161 pagal žydų skaičiavimą). Apie statybą neliko jokių žinių ar padavimų. Kad minėtasis užrašas atirtinka pastatymo metus, galima spręsti iš pasakojimų: senas žydas, apie 50 metų gyvenęs Pakruojyje, sakosi, jaunystėje pažinojęs dar vieną senį, atsiminusį sinagogos statybą.