W 1323 r. książę Giedymin zaprosił zakonników franciszkanów. Z czasem litewski magnat Gasztołd (Goštautas) w 1364 r. również zaprosił 14 franciszkanów, dał im domy i urządził. Gdy Gasztołd wyjechał, mnisi zostali zamordowani i strąceni do Wilenki. Następnie Gasztołd ponownie zaprosił franciszkanów i usytuował ich w innym miejscu, a tu zbudował kościółek św. Krzyża, który w 1524 r. zniszczył pożar. W 1635 r. przybyli księża z zakonu bonifratrów i w tym miejscu wznieśli kościół oraz klasztor bonifratrów, a także przytułek i szpital dla umysłowo chorych. Z czasem do swego budynku klasztornego przyłączyli też kościółek Gasztołda. W 1737 r. kościół spłonął, a w 1748 r. jego wnętrze zrekonstruowano: zbudowano sześć ołtarzy w stylu późnego baroku oraz ambonę. W tymże duchu przerobiono fasadę kościoła i budynek klasztorny. Tymczasem w 1843 r. nastąpiła kasata bonifratrów, pozostała tylko filia kościoła. Bonifratrzy mieli w kościele studzienkę. Zgodnie z podaniem, źródełko wytrysło samoistnie przed figurą Niepokalanego Poczęcia NMP. Woda posiadała moc uzdrawiającą. Nad ołtarzem wielkim jest cudowny krucyfiks. Niżej wisi obraz Najśw. Marii Panny z Dzieciątkiem Jezus, ubrany w srebrną szatę. Jego pochodzenie nie jest znane. Przypuszczalnie namalowany został w XVII w. W latach 1914-1924 w kościele odbywały się msze św. dla litewskiej młodzieży szkolnej. Modlili się tu uczniowie Gimnazjum Witolda Wielkiego wraz z nauczycielami: Stulginskisem, Smetoną, Gylysem, Grajauskasem, Bagdonasem, Biržišką. Za czasów polskich nabożeństwa dla Litwinów po pewnym okresie zostały przerwane i pozostały tylko w kościele św. Mikołaja.

W czasach sowieckich w kościele urządzono małą salę koncertową.

W 1992 r. kościół wraz z klasztorem zwrócono Archidiecezji Wileńskiej. Dokonano jego renowacji. Pozostały tylko 4 ołtarze. Przy kościele założono archidiecezjalny klasztor maryjny.

Vytautas Šiaudinis