Первый деревянный костёл в Немаюнай был построен в 1623 г. После того, как он пришел в упадок, в 1786 году владелица Павяркняйского поместья Кристина Рагожайте-Качанаускене финансировала строительство другого храма. В те же годы здесь действовала и Немаюнайская приходская школа. В 1862 году был утвержден проект каменного костёла (по имеющимся предположениям, архитектора Томаса Тишецкиса), но Правительство запретило его строительство, посоветовав реставрировать старый костёл. Невзирая на возражения властей, было начато строительство нового костёла. Через год строительство было приостановлено, поскольку лучшие мастера влились в ряды повстанцев, да и сам настоятель костёла Пранцишкус Казлаускас помогал повстанцам, поддерживал с ними связь, за что и был арестован, лишен духовного сана и впоследствии сослан в Сибирь. В городке поселился жандарм. Жители не успокаивались, всё просили разрешения продолжить строительство костёла. Как раз в то время в Немаюнай переводят настоятеля костёла Анзелмаса Нонявичюса, первое образование которого было связано с архитектурой. На заложенном фундаменте каменного костёла он продолжает строительство, но возводит уже деревянный костёл. Строительство костёла велось без разрешения. Его строили опытные мастера: Шульц, Фейфар и др., декор интерьера выполнен скульптором Г. Эйсмонтасом и другими художниками. А между тем, в 1877 г., настоятель костёла был оштрафован за своевольное строительство на 150 рублей.

Немаюнайский костёл с двумя фасадными башнями и башенкой на крыше представляет собой единственное в Литве оригинальное произведение народных мастеров, выполненное из дерева в неоготическом стиле, однако в нем переплетаются и другие архитектурные стили. Основанная идея композиции – романтическая ностальгия по средневековью, стремление имитировать основной фасад известного готического памятника – костёла Св. Анны. Прямоугольный план костёла создан с соблюдением традиций классицизма, в то время как для крупного купола здания, а отчасти – и для двубашенной структуры фасада и композиции интерьера характерны черты необарокко. Длина костёла - 45 м, ширина - 24 м.

Интерьер костёла украшен витражами из цветного стекла, образующими у большого алтаря интересные геометрические сочетания. Академик Санкт-петербургской художественной академии, художник Никодемас Силванавичюс написал для этого костёла две картины – "Святые апостолы Пётр и Павел" (1833 г.) и "Христос и Св. Мария Магдалина" (1892 г.). Обе они украшают большой алтарь. Невозможно не заметить орган, изготовленный вильнюсским мастером Ф. Тыдманом в 1852 г.

В 1972 г. по инициативе настоятеля костёла Юозаса Матулайтиса костёл был отремонтирован. Бетонный пол заменен деревянным, сооружены лавки для молящихся. У главного алтаря установлены боковые алтари, изготовлены новые стации. Найден и снова поднят на башню колокольни костёла зарытый когда-то колокол.