Адна з галоўных славутасцяў касцёла - драўляны алтар вышынёй з сяміпавярховы дом , яго ўпрыгожваюць больш за 20 рэдкіх фігур апосталаў , мецэнатаў , святых. 20- метровы цэнтральны алтар быў створаны ў 1736 годзе з дрэва і таніраваны пасля гэтага пад мармур. Спецыяльную прыгажосць ўнутранага строя надаюць развітая Шматфігурнасць кампазіцыя ў алтары і апорныя слупы , прыгожа аформленыя дэкаратыўнымі калонкамі іканастасаў , выкананымі цалкам з дрэва. Яго ўбранне і ў сапраўдны момант дзівіць фантазія : дзіўная разьба па дрэве , фрэскі , выдатныя статуі - езуіты не пашкадавалі ні сіл , ні золата для ўпрыгожвання асноўнага храма Гродзеншчыны . Фрэскавы роспіс 1752 складаецца з многосюжетных кампазіцый , якія знаходзяцца ў арачных нішах і зборы. Частка унікальнага драўлянага алтара касцёла была знішчана ў ліпені 2006 года пры пажары , які здарыўся касцёле з-за кароткага замыкання. Былі страчаны рэльефныя калоны , частка балюстрады , дэкор , чатыры скульптуры : мецэната лазовага, апосталаў Якава і Фамы , святога Амброзія. Аднавіць усе чатыры скульптуры ўдалося па фатаграфіях разьбяра па дрэве з г.п. Воранава Казіміру Місюру і яго сыну Ігару . Майстры выразалі фігуры , як таго патрабаваў арыгінал - з суцэльнай ліпы . Па ходзе рэстаўрацыйных работ былі адноўлены раней страчаныя элементы ( часткі дэкору і іншае). Напрыклад , у фігуры апостала Андрэя , як высветлілася , не хапала левай рукі да пэндзля. Яе адсутнасць хавалі драўляныя складкі адзення , да якой пэндзаль была прымацаваная . У выніку становішча фігуры было моцна зменена , але рэстаўратары выправілі гэты недахоп.

Залачэнне праводзілася майстрамі з Вільнюса. Каляровае рашэнне вызначана пасля правядзення даследаванняў адценняў ацалелай пры пажары часткі і чатырох бакавых алтароў , паколькі цэнтральны алтар , хоць і з'яўляецца галоўным , быў пафарбаваны ў апошнюю чаргу і прастаяў неафарбаваным амаль 50 гадоў. Такім чынам , яго мастацкае рашэнне было абумоўлена ўжо духам іншай эпохі . Пры прыняцці рашэння ўлічвалася і ўплыў вітража , размешчанага ў верхняй частцы 21- метровага алтара і які паказвае голуба ў промнях сонца , так як ён з'яўляецца цэнтрам мастацкага рашэння ўсяго касцёла. Дарэчы , колористка вітража грунтуецца на аналагу рымскай базілікі святых апосталаў Пятра і Паўла .