Viena iš pagrindinių bažnyčios įžymybių - medinis altorius sulig septynių aukštų pastato aukščiu. Jį puošia daugiau nei 20 retai sutinkamų apaštalų ir fundatorių skulptūrų. 20 metrų aukščio centrinis altorius buvo sukurtas 1736 metais iš medžio ir patamsintas, kad atrodytų jog padarytas iš marmuro. Ypatingo grožio interjerui suteikia altoriaus figūrinė kompozicija ir kolonos, puoštos gražiai įrengtais ikonostasais ir pagamintos vien tik iš medienos. Žiūrint į altorių stebina kūrėjų fantazija: puikios medžio skulptūros, freskos, papuošimai – Jėzuitai nepagailėjo nei jėgų, nei aukso. kad gražiai ir turtingai papuošti pagrindinę šventyklą Gardine. 1752 metų freskų tapyba susideda iš daugiasiužetinių kompozicijų, esančių nišose ir arkos. Dalis unikalaus medinio altoriaus bažnyčios buvo sunaikinta 2006 metų liepos gaisro metu dėl bažnyčioje įvykusio trumpojo jungimo. Buvo prarastos kolonos, baliustrados dalis, dekoras, keturios skulptūros: fundatoriaus Lozovojaus, apaštalų Jokūbo, Tomo, Šv. Ambrozijaus . Atkūrė visas keturias skulptūras pagal nuotraukas medžio drožėjas iš Varanavo Kazimieras Misiūra ir jo sūnus Igoris . Meistrai išdrožė skulptūras pagal originalus – iš vientiso liepos kamieno. Restauravimo darbų metu buvo atstatyti anksčiau prarasti elementai ( dekoro dalys ir pan.). Pavyzdžiui, Apaštalo Andriejaus figūroje, kaip paaiškėjo, trūko kairės rankos iki riešo. Šis trūkumas buvo paslėptas po drabužių klostėmis, prie kurių buvo pritvirtintas delnas. Dėl šito trūkumo skulptūros padėtis buvo labai iškreipta. Restauratoriai, darbo metu ištaisė šį trūkumą.

Auksavimo darbus atliko Vilniaus meistrai. Spalvos nustatymas buvo atliktas iš išlikusių po gaisro elementų, nes pagrindinis altorius buvo dažytas prieš 50 metų. Jo meninis spendimas jau priklausė kitai epochos dvasiai. Priimant spalvinį altoriaus sprendimą buvo įskaityta spalvoto vitražo (vaizduojančio balandį saulės spinduliuose), esančio 21 m. aukštyje įtaka. Beje spalvinis vitražo sprendimas yra analogiškas Romos Šv. Apaštalų Petro ir Povilo bazilikai