Одна из главных достопримечательностей костела - деревянный алтарь высотой с семиэтажный дом, его украшают более 20 редких фигур апостолов, меценатов, святых. 20-метровый центральный алтарь был создан в 1736 году из дерева и тонированный после этого под мрамор. Специальную красоту внутреннему убранству придают развитая многофигурная композиция в алтаре и опорные столбы, красиво оформленные декоративными колонками иконостасов, выполненными целиком из дерева. Его убранство и в настоящий момент поражает фантазия: удивительная резьба по дереву, фрески, прекрасные статуи - иезуиты не пожалели ни сил, ни золота для украшения основного храма гродненщины. Фресковая роспись 1752 года состоит из многосюжетных композиций, находящихся в арочных нишах и сводах. Часть уникального деревянного алтаря костела была уничтожена в июле 2006 года при пожаре, случившемся костеле из-за короткого замыкания. Были утрачены рельефные колоны, часть балюстрады, декор, четыре скульптуры: мецената Лозового, апостолов Якова и Фомы, святого Амброзия. Восстановить все четыре скульптуры удалось по фотографиям резчикам по деревую из г.п. Вороново Казимиру Мисюре и его сыну Игорю. Мастера вырезали фигуры, как того требовал оригинал - из цельной липы. По ходу реставрационных работ были восстановлены ранее утраченные элементы (части декора и прочее). Например, у фигуры апостола Андрея, как выяснилось, недоставало левой руки до кисти. Ее отсутствие скрывали деревянные складки одежды, к которой кисть была прикреплена. В результате положение фигуры было сильно изменено, но реставраторы исправили этот недостаток.

Золочение проводилось мастерами из Вильнюса. Цветовое решение определено после проведения исследований оттенков уцелевшей при пожаре части и четырех боковых алтарей, поскольку центральный алтарь, хоть и является главным, был покрашен в последнюю очередь и простоял неокрашенным почти 50 лет. Таким образом, его художественное решение было обусловлено уже духом другой эпохи. При принятии решения учитывалось и влияние витража, расположенного в верхней части 21-метрового алтаря и изображающего голубя в лучах солнца, так как он является центром художественного решения всего костела. К слову, колористка витража основывается на аналоге римской базилики святых апостолов Петра и Павла.