Es wird vermutet, dass schon 1529 eine Kirche in Birštonas stand (in offiziellen Unterlagen gilt Birštonas als Stadt). Anfang des 17. Jahrhunderts wurde der Älteste der Städte Prienai und Birštonas – Kasparas Horvartas – verpflichtet, die zerfallene Kirche als eine Filia (Filialkirche) wieder herzustellen. Später – in der Mitte des 17. Jahrhunderts – hat Władysław IV. Wasa, König von Polen und Großfürst von Litauen, der Filialkirche in Prienai 7 Dorfgehöfte mit Leibeigenen/ Hörigen geschenkt. Während des Nordkrieges (1655) ist die Kirche abgebrannt und daher erfolgte erneut eine Verpflichtung, sie wieder herzustellen. Durch Bemühungen und auf Kosten des Ältesten der Stadt Prienai – des Fürsten Kazimieras Sapiega – wurde 1787 eine neue Kirche gebaut. Die Pfarrei von Birštonas wurde 1795 wiedererrichtet. Das Mauerwerk der neuen Kirche wurde 1900 durch den berühmten Architekten Vaclovas Michnevičius entworfen. Der Grundstein für die Kirche wurde 1903 gelegt. Die Bauarbeiten wurden durch den Pfarrer der Pfarrei Birštonas, Jonas Karvelis, geführt und standen unter Aufsicht des Architekten Edmundas Emilijanas Frykas. 1909 wurde die Kirche mit dem Namen des Heiligen Antonius von Padua benannt und eingeweiht. Die Kirche in Birštonas ist neogotisch und mit einem hohen Turm errichtet. Das Innere besteht aus drei Kirchenschiffen und ist gewölbt. Der Fußboden wurde mit Steinplatten als Mosaik verlegt.

Die Kirche ist mit dem Bild „Hl. Judas Thaddäus“ des Malers Nikodemas Silvanavičius geschmückt. Ein anderes Bild – „Hl. Apostel Simon“ – wurde von einem unbekannten Maler des 19. Jahrhunderts gemalt. Über dem Zentralaltar der Kirche hängt, wie am Tor der Morgenröte, das Bild der heiligen Jungfrau Maria (Autor: Stanislovas Gobiata) und über dem linken Seitenaltar das Bild „Hl. Josef mit Kind“, vermutlich aus der Kirche des 18. Jahrhunderts.

Die Kirche ist mit eindrucksvoller Glasmalerei geschmückt. Der Pfarrer der damaligen Kirche, Mykolas Marijonas Petkevičius, hat 1984-1986 durch Einladung des berühmten litauischen Glasmalers Vytautas Švarlys und des Malers Andrius Giedrimas folgende Jubiläen verewigt: 500 Jahre der Taufe Litauens (1387) und der 500. Todestag des Nationalheiligen Kasimir (1484). Auf den Glasbildern sind die Täufer von Litauen – der Fürst Mindaugas (1251) und der Großfürst Vytautas der Große (1386), die Bischöfe Motiejus Valančius und Valerijonas Protasevičius (Aufklärer des 16. Jahrhunderts) dargestellt. Auf den anderen Glasbildern sind der Hl. Georg, der Erzengel Michael und der Hl. Maximilian Kolbe (der Märtyrer des 20. Jahrhunderts) dargestellt.

Die Orgel der Kirche wurde 1908 von einem wohlbekannten Orgelbauer aus Kaunas, Jonas Garalevičius, errichtet. Der Autor des Orgelprospekts ist Adomas Karalius (1908). Die meisten Orgelpfeifen aus Metall sind in einer Fabrik hergestellt worden. Verschiedene Teile der Windlade und des Spieltisches, wie es oft vom Ende des 19. Jahrhunderts bis Anfang des 20. Jahrhunderts in Litauen war, wurden in Deutschland und anderen westeuropäischen Nachbarländern gekauft. Die hölzernen Pfeifen und die meisten mechanischen Teile wurden in Litauen hergestellt. 1959 wurde die Orgel durch die Orgelbauer Stanislovas Černiauskas und Liudvikas Černiauskas generell repariert. 1999 wurde die Orgel vom Renovierungsmeister für Orgel Laimonas Pikutis aus Vilnius renoviert.

Der Kirchhof ist an der Frontseite mit einem in Wloclawek (Polen) gegossenen Zaun mit Tor umfriedet.

In der Kirche finden die Ablässe des Hl. Antonius von Padua, der Sakramentalien der Hl. Jungfrau Maria, der Hl. Jungfrau Maria, der Mutter der Barmherzigkeit und Sakralmusik-Konzerte statt.